برزت الخلافات ومشادات بين حركتى فتح وحماس حول حوارها الثنائي في مصر، فبينما رأت فتح ضرورة تشكيل حكومة تضطلع بمهمة اعادة هيكلة الأجهزة الأمنية والتحضير لانتخابات تشريعية ورئاسية مبكرة على ان تنبثق لجان لاحقة تبحث تفاصيل الملفات الاخرى.. طالبت حماس بتشكيل حكومة وحدة وطنية وتصر على بحث كل الملفات «رزمة واحدة»، دون تأجيل. ووصف القيادي عبد الله ابو سمهدانة عضو وفد فتح للحوار في القاهرة، المفاوضات بانها شائكة قائلا «ان الشيطان في التفاصيل». لكن القيادي في حركة حماس خليل الحية قال «ان الشيطان ليس في التفاصيل بل في رؤوس من لا يريدون الاتفاق». ونفى ابو سمهدانة، ان تكون حركته اتفقت مع المصريين على ورقة سيجري تقديمها للفصائل الفلسطينية بما فيها حماس وللجامعة العربية. وقال لـ«الشرق الاوسط»: «هذا الحديث سابق لأوانه وما زال هناك حوار ثنائي بين الفصائل والمصريين وبعد عيد الفطر سيأتي وفد حماس لاجراء حوار مع المصريين ثم يتبلور موقف». الى ذلك قال صالح ناصر عضو اللجنة المركزية للجبهة الديمقراطية لتحرير فلسطين، إن التصور المصري المتبلور لحل الانقسام الفلسطيني الداخلي يقوم على تشكيل حكومة من شخصيات مستقلة.