المجلس الأعلى للقوات المسلحة هو أعلى هيئة في الجيش، يرأسه رئيس الدولة باعتباره القائد الأعلى للقوات المسلحة، ويضم وزير الدفاع القائد العام للقوات المسلحة، ورئيس الأركان، وقائد القوات الجوية، وقائد القوات البحرية، وقائد قوات الدفاع الجوي، وقادة المناطق الأربع الرئيسية (الشرقية والغربية والشمالية والمركزية)، وقائدي الجيش الثاني والثالث، ورئيس هيئة عمليات القوات المسلحة. ولا يمكن للجيش اتخاذ أي قرار حربي أو تحرك عسكري قبل إقراره من هذا المجلس.
ويعد الجيش المصري من أقدم الجيوش في العالم، إذ يعود تاريخه إلى العصر الفرعوني، وأصبح جيشا بالمعني العسكري الحديث في عهد محمد علي باشا الذي يعتبر مؤسس مصر الحديثة، حيث كون جيشا من المصريين لأول مرة بعد فترة ظل الجيش فيها حكرا على غير المصريين، حيث بدأ محمد علي ببناء أول مدرسة حربية تقوم بإعداد الجنود والضباط على الطراز الحديث عام 1820 بمدينة أسوان، وقام بإنشاء الكثير من الترسانات لتمويل الجيش بأحدث المعدات كالبنادق والمدافع والبارود. واستعان محمد علي باشا بالقائد الفرنسي الشهير سليمان باشا الفرنساوي، الذي أقام في مصر، لتأسيس هذا الجيش الذي صار أحد أقوى جيوش المنطقة في فترة وجيزة، وحقق انتصارات عسكرية مدوية وصلت إلى الحبشة جنوبا واليونان شمالا، وكان التجنيد إجباريا أيام محمد علي، وكان تعداده 520.000 جندي، وكان تحت قيادة قائد واحد وهو إبراهيم باشا نجل محمد علي الذي يعتبر أبو الجيش المصري الحديث.
وأسهم الجيش المصري بدور بارز في الحياة السياسية المصرية على مر تاريخها، ومنذ ثورة يوليو (تموز) 1952 تعاقب على حكم مصر أربعة رؤساء جميعهم ينتمون للجيش المصري، هم محمد نجيب (يونيو/ حزيران 1953 – نوفمبر/ تشرين الثاني 1954)، وجمال عبد الناصر (نوفمبر 1954 – سبتمبر/ أيلول 1970)، ومحمد أنور السادات (سبتمبر 1970 – أكتوبر/ تشرين الأول 1981)، ومحمد حسني مبارك (أكتوبر 1981 – فبراير/ شباط 2011). وينقسم الجيش المصري إلى أربعة أقسام:
* القوات الجوية:
يعود إنشاؤها إلى عام 1928 بعد طلب تقدم به البرلمان إلى الحكومة. وظلت جزءا من الجيش إلى أن صدر قرار ملكي بتحويلها إلى فرع مستقل. وشاركت في حرب فلسطين 1948، وفي حرب اليمن، وحرب يونيو 1967، وحرب الاستنزاف، وحرب أكتوبر 1973. وتولى الرئيس المتنحي حسني مبارك رئاستها في الفترة من أبريل (نيسان) 1972 حتى أبريل 1975، كما تولى رئاستها في الفترة من أبريل 1996 حتى مارس (آذار) 2002 الفريق طيار أحمد شفيق الذي تولى رئاسة آخر حكومة عينها مبارك قبل تنحيه عن الحكم، وقائدها الحالي هو الفريق طيار رضا محمود حافظ الذي يشغل منصبه منذ عام 2008. وتملك القوات الجوية المصرية 569 طائرة قاذفة مقاتلة، و149 مروحية، مما يجعلها الأكبر حجما في أفريقيا والشرق الأوسط. ويصنفها الخبراء العسكريون في المركز الثاني في منطقة الشرق الأوسط في قدراتها القتالية بعد إسرائيل وقبل تركيا.
* الدفاع الجوي:
يملك الجيش المصري نظاما حديثا للدفاع الجوي وأنظمة صواريخ مضادة للدبابات، وأكبر حجم من صواريخ أرض - أرض بعد الصين وروسيا والولايات المتحدة، ولدى الجيش المصري 350 منصة «سام 2» التي خرجت أعداد منها من الخدمة واستبدلت أنظمة أحدث وأقوى تأثيرا بها. وينخرط في الدفاع الجوي 240 منصة إطلاق صواريخ «سام 3»، و56 منصة صواريخ «سام 6».
ومن أبرز من تولوا قيادة قوات الدفاع الجوي الفريق سامي عنان رئيس الأركان الحالي، الذي تولى قيادة الدفاع الجوي في الفترة من عام 2001 حتى عام 2005.
ويتولى قيادة الدفاع الجوي المصري حاليا الفريق أركان حرب عبد العزيز سيف الدين.
* القوات البحرية المصرية:
هي أصغر فرع في الجيش المصري، وتأسست في عهد محمد علي باشا، ومن مهامها حماية أكثر من 2000 كيلومتر من الشريط الساحلي للبحر المتوسط والبحر الأحمر، وتأمين سلامة الملاحة في قناة السويس، وتعتبر أقوى وأكبر سلاح بحري في المنطقة. وأسلحتها الرئيسية هي المدمرات والفرقاطات والغواصات ومكافحة الألغام والقوارب الصواريخية وزوارق الدورية. ويتولى قيادة القوات البحرية حاليا الفريق بحري مهاب محمد حسين مميش الذي تولى منصبه عام 2007.
* القوات البرية:
تضم بقية أسلحة الجيش المصري، وقوامها الرئيسي سلاحا المشاة والمدرعات، ويبلغ عدد جنودها النظاميين 450 ألف جندي، بالإضافة إلى نحو مليون جندي في الاحتياط، وهي أكبر قوة برية في أفريقيا والشرق الأوسط، وتعتمد على معدات غربية وشرقية، بالإضافة إلى صناعات مصرية من الذخائر والأسلحة.