انشئت مكتبة المتحف المصري كجزء هام منذ افتتاح المتحف المصري أواخر القرن قبل الماضي، حيث رصد مبلغ لشراء كتب منذ عام 1899 وطالب عالم المصريات ماسبيرو بتخصيص مبلغ دائم لشراء الكتب وعين دكروس كأول أمين لها في عام (1903 ـ 1906) ثم خلفه بعد ذلك عدة أمناء حتى مونييه الذي كانت له جهود خاصة منها اعداد كتالوج شامل لمحتويات المكتبة حتى عام 1926.
ثم كانت النقلة الهامة في تاريخ مكتبة المتحف المصري بعد ذلك بتولي الدكتور عبد المحسن الخشاب ادارة المكتبة، وعملت معه الدكتورة ضياء أبوغازي، والتي تولت بعد ذلك أمانة المكتبة عام 1950 وكان لها دور هام في اعداد كتالوجات للكتب وزيادة التبادل الخارجي وتوسيع المكتبة بحيث أصبح حجمها الحالي من طابقين وقاعتي اطلاع ومخزن للمطبوعات.
ويعتبر كتاب وصف مصر من أهم الكتب الموجودة في المكتبة وهو من وضع مجموعة من العلماء الفرنسيين الذين رافقوا الحملة الفرنسية الى مصر، ومن أهم الكتب بالمكتبة أيضا كتاب «آثار مصر والنوبة» للعالم الفرنسي شامبليون، ويقع في أربعة مجلدات كبيرة، تشمل اللوحات ابتداء من وادي حلفا ثم تستمر حتى الجيزة والاسكندرية.
ومن الكتب المهمة أيضا كتاب ليبسيوس عن لوحات مصر واثيوبيا ويقع في اثني عشر جزءا كتبت في الفترة (1849 ـ 1859) ويبدأ بلوحات مصر والنوبة ثم مناطق منف وأبورواش وحتى جبل البركلي ومروى وهو من أهم الكتب عن نصوص مصر القديمة حتى العصر اليوناني.
وتحتوي المكتبة على مجموعة من الخرائط واللوحات النادرة ترجع الى أكثر من مائة عام وتمثل بعض محافظات مصر بالاضافة الى كتالوجات مساحية لبعض مراكز الدلتا ومجموعة نادرة تصور قصر الجوهرة وأفراد العائلة المالكة، ومن هذه الخرائط خريطة جيولوجية لمصر، موضحا بها توزيع الأهرام، وخريطة مديريتي الشرقية والغربية ومبين بالخرائط انها عملت بأمر الخديوي اسماعيل باشا خديوي مصر في ذلك الحين بمعرفة محمود بك الفلكي، كما توجد مجموعة من اللوحات النادرة من رسم فنانين أوروبيين ضمت في كتاب باسم لوحات أرض النيل تمثل الحياة في مصر ومواقع أثرية هامة في تصوير متميز.
وتحتوي المكتبة على أكثر من 50 ألف كتاب ومجلد من أندر الكتب في تخصص الآثار المصرية القديمة واليونانية والرومانية والشرق الأدنى القديم، فضلا عن تخصصات أخرى.