يواجه الجنرال مايكل هايدن، الذي أعلن الرئيس الأميركي جورج بوش إنه سيخلف بورتر غوس مديرا للاستخبارات (سي. آي. إيه)، معركة متوقعة في إجراءات تثبيت التعيين في الكونغرس في ضوء انتقادات نواب جمهوريين وديمقراطيين لترشيحه خوفا من هيمنة وزارة الدفاع (البنتاغون) على الاستخبارات. ورفض رئيس الاستخبارات الأميركية جون نغروبونتي الانتقادات التي وجهت الى تعيين عسكري رئيسا لـ«السي.آي. إيه)، معتبرا انه من الأفضل الاهتمام بكفاءة الجنرال مايكل هايدن. واعتبر نغروبونتي أن المخاوف من دور مهيمن للبنتاغون في الاستخبارات «لا أساس لها»، مؤكدا انه هو الذي يتولى مسؤولية ترتيب الأولويات في قطاع الاستخبارات، لكن ذلك لا يمنعه من العمل بشكل وثيق مع البنتاغون.
ويعارض البعض الآخر التعيين بحجة أن خبرات هايدن تقتصر على مجال الاستخبارات العسكرية وليس لديه إلمام كاف بأسلوب العمل في أجهزة الاستخبارت الأخرى. أما النواب الديمقراطيون فيمضون بعيدا في اتهام هايدن شخصيا بالوقوف وراء برامج التنصت غير القانونية على مواطنين أميركيين.