رفضت جماعات إسلامية قبول فتوى أصدرتها دار الإفتاء المصرية بعدم جواز الانتماء إلى الجماعات الإسلامية، سواء انتهجت نـهجا سياسيا أو عسكريا، أو سياسيا قابلا للتطوير العسكري، قائلة إن المسلم عليه احترام النظام العام للدولة حتى وإن عاش في ظل نظام له مرجعية وضعية. ورفضت فتوى دار الإفتاء قيام الجماعات بإنشاء جناح عسكري لها، والخروج على الحكومات، لكنها استثنت تلك التي تعمل في مجالات البر والإحسان. وأبدت جماعات إسلامية استغرابها من الفتوى ومن إعلانها في هذا التوقيت. واعتبر الدكتور محمد حبيب النائب الأول لمرشد جماعة الإخوان، الفتوى بأنها تأتي لإبعاد الناس عن الاقتراب من الجماعات الإسلامية، مثل جماعة الإخوان، قائلا لـ«الشرق الأوسط» إن «هناك من يريد أن يثير حول الجماعات الإسلامية تحريضا وتشويها وغبارا». وقال الدكتور ناجح إبراهيم القيادي بالجماعة الإسلامية: «لا يمكن إلغاء الحركة الإسلامية من الواقع بفتوى أو فرمان أو قرار، لأنها مكون رئيسي من مكونات المجتمعات».
وتقول الفتوى إنه «لا شرعية لجماعة المسلمين إلا بمتابعتها للجماعة الأولى، وهي جماعة الصحابة»، وإنه بسقوط الخلافة الإسلامية، لم يعد للمسلمين إمام، وإن المسلم عليه «اتباع الشرع في أموره، مع احترام النظام العام للدولة التي يعيش فيها، والحفاظ على الرابطة الإيمانية بالأمة، عبر الاحتكام إلى الشرع على المستوى الفردي والاجتماعي، حتى إن عاش في ظل نظام قانوني له مرجعية وضعية».