أظهرت حركة حماس منذ نشأتها قدرة كبيرة في فن التنظيم والانتشار والتوسع والتسليح، وهو ما طرح تساؤلات حول آلية اتخاذ القرارات الاستراتيجية داخل الحركة. عضو القيادة السياسية لحماس رأفت ناصيف يقول لـ«الشرق الأوسط»: «إن القرار الاستراتيجي في الحركة يصدر بناء على مشورة عامة في مواقع الحركة، في أربع مناطق أو قطاعات، وهي: الخارج (خارج فلسطين)، وقطاع غزة، والضفة الغربية، وداخل السجون الإسرائيلية». وبحسب النظام في حماس فإن كل آراء المناطق الأربع يتم تجميعها عند المكتب السياسي في دمشق الذي يرأسه خالد مشعل.
ويعرف مسؤولو حماس مشعل على أنه الرجل الأول في حماس، ويقول ناصيف عن ذلك: «هو قائد حركة حماس، هو الرجل الأول.. وحتى في حياة الشيخ أحمد ياسين (الزعيم الروحي ومؤسس حماس)، وعندما خلفه (عبد العزيز) الرنتيسي، (الذي اغتيل في عام 2004)، قالوا الرنتيسي زعيم حماس، ثم خرج الرنتيسي وأوضح أنه يخلف الشيخ ياسين في قيادة غزة، وأنه وجميع إخوانه يدينون بالطاعة والولاء لمشعل».
يقول مهيب النواتي، وهو صحافي متخصص في الحركات الإسلامية، وكان مقربا من قيادات حماس، والتقى ياسين أكثر من مرة: «إن صراعا خفيا كان يدور بين ياسين ومشعل من أجل السيطرة على حماس». ويرى النواتي أنه إلى جانب قيادة الإخوان المسلمين التي تريد زعيما لحماس من خارج فلسطين، فإن دولا عربية ساعدت في إيصال مشعل لقيادة الحركة ودعمته.
ويقول النواتي: «الخلافات كانت معروفة، وهناك استقطابات، يعني مثلا سئل مشعل مرة عن دور ياسين في حماس، فقال إنه مؤسس حماس وأحد قياداتها، هذا لم يعجب ياسين، أنا كنت عنده وقلت له هكذا قال مشعل، فتفاجأ، وقال لي «هيك قال؟، طيب أنا بعرف أجيب شو قال». ووفق النواتي، فإن الخلافات لا تزال قائمة، وإن من يقف لمشعل أحياناً، هو محمود الزهار القيادي البارز في حماس. أما فيما يتعلق بالرأس العسكري لحماس، فتشير كل المصادر إلى أن قطاع غزة يخضع عسكريا لإمرة أحمد الجعبري الذي تربطه علاقات وطيدة بمشعل، حتى إن الاستخبارات الإسرائيلية تقول إنه لا يتلقى أوامره إلا من مشعل مباشرة.