انتقد البابا شنودة الثالث بابا الأقباط الأرثوذكس في مصر أسلوب حل المشكلات الطائفية التي تحدث في بعض الحالات في مصر بين المسلمين والمسيحيين، وقال: «لا نرى دورا إلا لرجال الأمن، وسط غياب تام لأعضاء البرلمان والمجالس المحلية، وبعد أن يتدخل رجال الأمن، تتدخل المؤسسات الدينية لكي تؤيد الحل الأمني، وبعد ذلك نهاجم رجال الدين ونتهمهم بالعمل في السياسة». وأعرب البابا شنودة الثالث عن رفضه لتولي قبطي رئاسة الدولة، قائلا: «لا يجوز ذلك لأن الأغلبية العددية مسلمة ولا يجوز أن يحكمها قبطي ليمثل الأغلبية العددية».
ورأى في حديث لـ«الشرق الأوسط» أنه «لا يوجد حل عام لكل المشكلات الطائفية التي تظهر بين الحين والآخر في مصر»، قائلا: «كل مشكلة يجب أن تحل في إطارها والمناخ الذي نشأت فيه، وتعامل الجهات المختلفة معها».