قدم التقرير النهائي للجنة التحقيق في 11 سبتمبر خالد شيخ محمد، العقل المدبر المفترض لهجمات 11 سبتمبر ( ايلول )، كشخصية مغامرة وارهابي محترف يقدم خدماته وله طموحاته الخاصة ويعتبر نفسه مستقلا عن «القاعدة» وعن اسامة بن لادن نفسه. وتم اول لقاء بين محمد وبن لادن في عام 1996 في تورا بورا، وهو الملجأ الواقع في سلسلة جبلية حيث امكن لابن لادن فيما بعد الهرب من القوات الاميركية عقب احداث 11 سبتمبر حيث قدم قائمة افتراضية للمؤامرات الارهابية.
ولم يلتزم ابن لادن بأي شيء ولكنه طلب من محمد الانضمام لتنظيم «القاعدة»، إلا انه رفض.
وحسب التقرير فان خالد شيخ شرع في تجنيد الخاطفين لهجمات 11 سبتمبر وبقية التحضيرات منذ بداية 1999 . وبدأ بجمع مجلات علوم الطيران والمعلومات عن مدارس الطيران الاميركية وادلة الهاتف في سانت دييغو ولونغ بيتش في كاليفورنيا وبرنامج الكومبيوتر الخاص بأجهزة المحاكاة وغير ذلك من المواد. وقام كذلك بشراء أفلام هوليود التي تحدث فيها اختطافات ولكن كان يجري مونتاجا لهذه الأفلام ليمسح صور النساء قبل عرض الأفلام على متدربي «القاعدة».