يعود تاريخ مكتبة الازهر أو المكتبة الازهرية والتي تعد ثاني أكبر المكتبات في مصر الى تاريخ انشاء القاهرة الفاطمية، والجامع الازهر، وكانت المكتبة تشغل ستة أروقة مختلفة داخل الجامع الازهر هي المدرسة الاقبغاوية، والمدرسة الطيبرسية، والرواق العباسي، ورواق الشوام، ورواق الاتراك، ورواق المغاربة. وشغلت المكتبة اولا المدرسة الاقبغاوية لاتساعها. ولما ضاقت بالكتب ضمت اليها المدرسة الطيبرسيه وبدأ وضع الكتب وحفظها للانتفاع بها تحت ضوابط وانظمة وضعت لذلك، ولما ضاقت المدرسة الطيبرسية ايضا اضيف اليها الطابق الاعلى من مبنى ملحق الجامع الازهر وضعت فيه المكتبات الخاصة ثم اخلي للحاجة اليه ونقل ما فيه الى مكتبة قاعة المحاضرات ثم اخلي هذا المكان ايضا، ثم اضيف الى المكتبة الرواق العباسي.
وقد اشار ابن الميسر في كتابه »اخبار مصر« الى مكتبة الازهر سنة 517هـ، وقال انه كان قد اسند الى داعي الدعاة ابي الفخر صالح منصب الخطابه بالجامع الازهر مع الاشراف على خزانة الكتب. واسناد الاشراف على خزانة الكتب الى داعي الدعاة، وهو رئيس ديني بعد قاضي القضاة دليل على اهميتها. وقد امر الحاكم بأمر الله الفاطمي بنقل نصف الكتب التي كانت بدار الحكمة الى الجامع الازهر، وقد بلغ عددها في ذلك الوقت اكثر من خمسين الف كتاب ومن المعروف ان الفرنسيين حينما اقتحموا الجامع الازهر نهبوا كثيرا من كتبه وبعضها يوجد الآن بمكتبة باريس وتفخر بها المكتبة الفرنسية، وخوفا من نهب اخر بعد ان ضاقت بها أروقة الجامع الازهر اصدر الشيخ محمد عبده مفتي الديار المصرية آنذاك في انشاء المكتبة الحديثة. ووافق على ذلك مجلس ادارة الازهر، وتم التنفيذ في اول المحرم سنة 1897/هـ1314م ولم يكتف الشيخ محمد عبده بما جمع من مكتبات الاروقة بل دعا الى المشاركة في فضل تكوينها فاستجاب لدعوته بعض من عليه القوم ومن مشايخ الازهر.
ويبلغ عدد كتب المكتبة اكثر من 128500 كتاب في اكثر من 250000 مجلد تقريبا منها اكثر من 42000 مخطوط في فنون مختلفة. ومن نوادر المكتبة في المصاحف قطعتان من مصحف كتبتا سنة 465هـ، ومصحف مخطوط سنة 528هـ، ومصحف مخطوط كتب سنة 741هـ، وكتاب غريب الحديث لابن سلام، ويعود لسنة 311هـ والجزء الرابع من مسند ابي عوانه ويعود لسنة 617هـ، ورسوم الخلافة للصابي كتب سنة 455هـ، والمعجم المؤسس للمعجم المفهرس لابن حجر وهو بمعجم اسماء شيوخه بخط المؤلف سنة 859هـ.
ويقول احمد خليفة احمد وكيل شؤون المكتبات الازهرية ان المكتبة الازهرية تمتاز بوفرة الكتب الدينية والعربية المتخصصة ويلاحظ هذا في توزيع فنونها وعدد كل منها، وكثرة الكتب وتكرارها في فنونها المختلفة لانها في الغالب من مكتبات العلماء وما رصده الواقفون من أهل البر والاحسان الذين حبسوا ربع اوقافهم على شراء الكتب للمكتبة على ان تكون في العلوم الدينية والازهرية.
ويضيف خليفة أن تمتاز به المكتبة ايضا كثرة ما بها من المخطوطات التي كان يعدها المدرسون لطلبتهم وبعد استكمالها كانت تهدي للمكتبة ونتج عن هذا ان اصبحت مكتبة الازهر زاخرة بعدد وافر من المؤلفات الخطية قل ان يوجد مثلها هذا بالاضافة الى الكتب المطبوعة.
وعن رسالة المكتبة يقول احمد خليفة احمد انها تؤدي دور المكتبات العامة التي تزود الراغبين على اختلاف اعمارهم ومستوياتهم بالمواد العلمية في جميع فروعها، والاستجابة الى تنفيذ رغبات الباحثين الذين يطلبون منها ان تمدهم بصور ما يحتاجون اليه من مخطوطات وغيرها وهم في بلادهم أو اماكن تدريسهم أو دراساتهم.
وقد تم أخيرا بناء قواعد بيانات بيليوجرافية لجميع مقتنيات المكتبة حتى تيسر سبل الاستفادة وفق احدث نظم التصنيف العالمية والفهرسة واستخدام برنامج المكتبات الآلية (ALIS).