أثار إعلان الحكومة السودانية الجديدة كثيرا من الجدل حول طبيعة الحكومة، والوجوه التي ضمتها في وقت تواجه فيه أكثر القضايا تعقيدا منذ استقلال السودان كتقرير المصير، ودارفور، والتحول الديمقراطي، في وقت أكد فيه الرئيس البشير أن الوحدة الطوعية هي البوصلة التي تحدد اتجاه طاقمه الجديد.
وضمت الحكومة 77 وزيرا بينهم 10 وجوه يصنفها المراقبون السودانيون بأنها وجوه ذات خلفية أمنية وعسكرية، ويشير مصدر قيادي في حزب المؤتمر الشعبي، وهو الشريك الذي خطط «للإنقاذ» ومهد الطريق للبشير للوصول إلى القصر الجمهوري عام 1989 إلى أن الأمنيين والعسكريين هم الذين يحددون سير الحكومة منذ بداياتها، وأشاروا إلى البشير نفسه، ووزير الدفاع الفريق عبد الرحيم محمد حسين، ووزير شؤون الرئاسة الفريق بكري حسن صالح، وهما صديقان حميمان للبشير وظلا يلازمانه منذ 30 يونيو (حزيران) 1989، والثلاثة جاءوا من خلفية عسكرية، فيما يشير المصدر إلى وزير الخارجية علي كرتي باعتباره قائدا لقوت الدفاع الشعبي، وهي قوة «جهادية» شاركت في حرب الجنوب تحت راية الجهاد.
وسمى المصدر وزراء آخرين يعتقد في أنهم ذوو خلفيات أمنية، ولو ذات طابع تنظيمي وليس رسميا أبرزهم الدكتور عوض أحمد الجاز، الذي ظل يتقلب في المواقع الوزارية منذ أن كان وزيرا لشؤون الرئاسة، ثم أمسك بخيوط وزارة الطاقة التي استخرجت في عهده النفط السوداني، ثم وزارة المالية ليذهب في التشكيل الجديد إلى وزارة الصناعة. كما تشكك في علاقة وزير تنمية الموارد البشرية كمال عبد اللطيف، وهو وزير دولة بمجلس الوزراء في الحكومة السابقة، وأشار ذات المصدر إلى شخصيات أخرى بينها وزير السدود والكهرباء أسامة عبد الله، ووزير الشباب والرياضة حاج ماجد سوار، وهو من قادة شباب المجاهدين وكان من المقربين لمكاتب التنظيم الخاصة، ووزير الدولة بالخارجية كمال حسن علي، وهو المسؤول السابق لمكتب المؤتمر الوطني الحاكم في جمهورية مصر العربية.
وتؤكد المصادر أن الطبيعة التنظيمية للحركة الإسلامية تخلط بين التنظيمي والأمني وجمع المعلومات وتحليلها وحماية الحركة وتأمينها، وهو ما يعتبره المسؤول السياسي للمؤتمر الشعبي كمال عمر «تأكيدا على حساسية المرحلة، والتخطيط لحماية الحكومة واستمرارها في ظل أمواج عاتية مثل الاستفتاء ودارفور والتعامل مع المجتمع الدولي»، وقال عمر لـ«الشرق الأوسط»: «خلال تجربتنا السابقة صعد كثير من الكوادر الأمنية والتنظيمية وبرزوا كوجوه سياسية لقيادة المرحلة». وفي ذات السياق يشير المراقبون إلى صعود وجوه التفاوض في مفاوضات نيفاشا التي أثمرت اتفاق السلام الشامل عام 2005، ودخولهم إلى الحكومة، أو انتقالهم إلى مواقع جديدة مؤثرة، فقد انتقل أمين حسن عمر من الثقافة والرياضة إلى رئاسة الجمهورية، وكذلك بقي إدريس عبد القادر وهو من المفاوضين الرئاسيين في ذات المنصب برئاسة الجمهورية فيما دخل الشاب محمد مختار وهو من مفاوضي قسمة الثروة إلى وزارة مجلس الوزراء قريبا من الوزير الجنوبي والاقتصادي اللامع لوكا بيونق من الحركة الشعبية، وكان يحتل المنصب كمال عبد اللطيف في مواجهة وزراء الحركة مثل دينق الور وفاقان أموم ثم كوستي مانيبي.
وفي ذات السياق يشير المراقبون إلى بروز وجهين من دارفور مثل وزير العدل محمد بشارة دوسة، وهو من قبيلة الزغاوة الدارفورية التي تشكل أكثر الحركات المتمردة، وهي رسالة قصد بها مواجهة محكمة الجنايات الدولية وقضايا جرائم دارفور بواحد من أبناء الإقليم، في وقت شغل فيه والي جنوب دارفور السابق وهو من القبائل العربية علي محمود منصب وزير المالية لتمثل دارفور «عربيا وأفريقيا» في «العدالة والثروة»، مع تقليص دور قادة الحركات المسلحة مثل أبو القاسم أمام الذي عين وزير دولة بوزارة الرياضة بدلا عن ولاية غرب دارفور وهو من قبيلة المساليت، كما احتفظ شرق السودان بمنصب وزارة الداخلية التي يشغلها المهندس إبراهيم محمود حامد وهو من قبيلة البني عامر ذات الامتداد مع دولة إريتريا، وحامد الذي يشير القريبون منه إلى أصوله الإريترية وأحد الإسلاميين المعروفين في الشرق.
في غضون ذلك، حدد البشير ملامح برنامج الحكومة الجديدة في التركيز على الوحدة والتنمية، مع أن مفردة الوحدة ظلت تثير شركاءه في الحركة الشعبية الذين يتحدثون عن دعم المجتمع الدولي لحكومة الجنوب الوليدة في حال اختيار الانفصال، وهذا ربما يعني مواجهة محتملة على الوحدة والانفصال، وربما يقود الأمر إلى مواجهة في مرحلة ما. ويعزز ذلك اتجاه الجنوب نحو تشكيل حكومة استفتاء، في وقت يشدد فيه البشير على الوحدة، في وقت صعدت فيه وجوه ذات خلفيات أمنية، وحرس قديم من ذوي الرتب العسكرية الرفيعة.