في الوقت الذي لم تحدد فيه موقفها بعد من انتخابات مجلس الشورى المصري «إحدى غرفتي البرلمان»، كشفت مصادر إخوانية مصرية مطلعة أن الجماعة تواجه أزمة داخلية عنيفة، حول البرنامج السياسي الجديد الذي تعده الجماعة، كبرنامج لمشروع حزب سياسي، وأكدت المصادر، التي اشترطت عدم الاشارة اليها، في تصريحات خاصة لـ«الشرق الأوسط»، تباين موقف قيادات الجماعة من مشروع البرنامج السياسي، بسبب الارتباك الذي أحدثته التعديلات الدستورية الجديدة، حيث منعت أي نشاط سياسي على أساس ديني أو ذي مرجعية دينية، موضحة أن فريقا من القيادات يرى ضرورة تطويع البرنامج ليتناسب مع تعديلات الدستور بحيث يحذف منه كل النصوص المتضمنة، عبارات دينية صريحة، حتى لا تكون سببا مباشرا في تعارضه مع نصوص الدستور المعدلة، بينما يُصِرْ فريق آخر على عدم التخلي عن بعض ثوابت الجماعة ومنها بعض الشعارات التقليدية التي ارتبطت بها مع الشارع مثل «الإسلام هو الحل»، و«القرآن دستورنا»، معتبرة أن ذلك سيكون له تأثير سلبي على الشعبية التي اكتسبتها الجماعة خاصة خلال الانتخابات التشريعية الماضية. ورجحت المصادر «أن تعيد الجماعة صياغة البرنامج في ضوء المقتضيات التي تفرضها التعديلات الدستورية، حتى لا تضيع على الجماعة فرص سياسية جيدة قد تكون متاحة إذا ما تواءم التواجد الإخواني مع الظروف السياسية الحالية».