فيما يلي اهم بنود اتفاق جيبوتي الصومالي: ـ إنهاء جميع اعمال المواجهة المسلحة من جانب التحالف من اجل اعادة تحرير الصومال وحلفائه ومن جانب والحكومة الفيدرالية الصومالية الانتقالية وحلفائها. ويتم تنفيذ وقف المواجهات المسلحة خلال ثلاثين يوما من توقيع هذا الاتفاق في جميع أنحاء البلاد. ويستمر وقف العمليات المسلحة لفترة 90 يوما قابلة للتمديد. كما اتفق الطرفان أيضا بدءا من تاريخ بدء سريان هذا الاتفاق على الاتي:
ـ ان يطلب من الامم المتحدة، بما يتفق مع قرار مجلس الامن 1814 وفي غضون فترة مائة وعشرين (120) يوما، إقرار ونشر قوة دولية لتحقيق الاستقرار، تأتي من الدول الصديقة للصومال باستثناء الدول المجاورة.
ـ في غضون فترة 120 يوما من توقيع هذا الاتفاق سوف تعمل الحكومة الفيدرالية الانتقالية وفقا للقرار الذي سبق ان اتخذتها الحكومة الاثيوبية لسحب قواتها من الصومال، بعد نشر عدد كاف من قوات الامم المتحدة في البلاد.
ـ إن على التحالف من أجل إعادة تحرير الصومال، أن يعلن رسميا وقف وادانة كل أعمال العنف المسلح في الصومال وينأى بنفسه عن اي من الافراد او الجماعات المسلحه التي لا تلتزم شروط هذا الاتفاق.
ـ ولضمان التنفيذ الفعال لهذا الاتفاق، اتفق فيه الطرفان (الحكومة الانتقالية وتحالف المعارضة) على اتخاذ جميع التدابير اللازمة لضمان وصول المساعدة الانسانية دون معوقات وتقديم المساعدة الى السكان المتضررين؛ والامتناع عن اتخاذ اجراءات تتعارض مع الروح السلمية لهذا الاتفاق.
ـ انشاء لجنة امنية مشتركة لمتابعة تنفيذ الترتيبات الامنية في غضون 15 يوما من توقيع هذا الاتفاق. على أن يتم في نفس هذه الفترة تشكيل وتحديد صلاحيات هذه اللجنة التي تديرها الأمم المتحدة.
ـ ويتم تشكيل لجنة عليا، برئاسة الامم المتحدة، في غضون 15 يوما من توقيع هذا الاتفاق لمتابعة المسائل ذات الصلة بالتعاون السياسي بين الطرفين، وما يتعلق أيضا بتحقيق العدالة والمصالحة وسوف تناقش هذه القضايا في مؤتمر آخر سيتم عقده في الـ30 من يوليو (تموز) المقبل. وسيعمل الطرفان الموقعان على هذا الاتفاق مع كافة الأطراف الصومالية الأخرى المعنية لضمان التنفيذ الكامل والفعال لهذا الاتفاق. ويدعو الطرفان الموقعان على هذا الاتفاق المجتمع الدولي للمساعدة في توفير الموارد الكافية لتنفيذ ومتابعة هذا الاتفاق. ويوصي الطرفان بإعطاء أولوية لعقد مؤتمر دولي حول تنمية وإعادة إعمار الصومال في غضون الستة أشهر المقبلة.