بعد عودة الاستقرار النسبي لأغلب مناطق العراق بدأ الكثير من الجهات الرسمية وغير الرسمية البحث عن سبل لحل المشاكل العالقة، التي نجمت عن أحداث سامراء في عام 2006، ومنها عمليات الاستيلاء على الجوامع من كلا الطرفين السني والشيعي، وكذلك نسف جوامع أخرى، والاهم من ذلك، بحسب الدكتور صلاح عبد الرزاق المسؤول في ديوان الوقف الشيعي، حصر أملاك الوقفين. كما أكد ان مرقد الامامين العسكريين في سامراء ستؤول ادارتهما للوقف الشيعي بعد الانتهاء من ترميمه. وأكد عبد الرزاق في لقاء مع «الشرق الأوسط»، أن الوقفين قررا حل مشكلة دور العبادة، التي تم الاستيلاء عليها من كلا الطرفين خلال الأحداث التي تلت تفجير مرقدي الإمامين العسكريين، وحتى قبل ذلك عبر تشكيل لجنة مشتركة تسمى بلجنة (التفكيك والعزل). وأضاف أن هذه اللجنة تضم في عضويتها ممثلين من الوقفين الشيعي والسني، وقاضيا يمثل أمانة مجلس الوزراء والدائرة القانونية ومدير التسجيل العقاري ودائرة عقارات الدولة «وفعلا عقدت اللجنة عدة اجتماعات برعاية لجنة الأوقاف التابعة لمجلس النواب، وتوصلنا خلال الاجتماعات إلى عدة ضوابط تحدد كيفية تقسيم الأوقاف أولا، كما تم الاتفاق على إعادة المساجد التي سماها (المشغولة من الغير) لأنه لا يمكن استخدام مصطلحات قاسية بهذا الشأن»، مشيرا إلى ان بعض دور العبادة «هو مهجور أصلا من قبل السنة، وخاصة في مناطق الرصافة، وأعيد اغلبها للوقف السني، وقسم آخر هو مساجد شيعية عليها دعوى على الوقف السني كونها مشغولة من قبلهم، أما القسم الآخر فهدم بشكل كامل كما حدث في مناطق الخضراء والسيدية والغزالية، أي نسف بشكل كامل».
وأضاف عبد الرزاق أن هناك خطة كبيرة لإعادة بناء هذه المساجد والحسينيات المتضررة، وهناك برنامج خصص له أكثر من 6 مليارات دينار لبناء مساجد جديدة في بغداد والمحافظات وحسينيات جديدة، والخطة الاستثمارية للوقف الشيعي تتجاوز الـ30 مليار دينار، كما حرصنا على تأثيث المساجد والحسينيات التي تفتقر إلى ابسط المستلزمات، وصيانة 12 مسجدا في مدينة الصدر، وخصص لها 12 مليار دينار، كون الكثير منها في حالة يرثى لها من ناحية البناء المعماري التأسيسي أي تحتاج لهدم، خاصة ان اغلب مساجد الشيعة في زمن النظام السابق تبنى عبر تبرعات من الأهالي، وفي حال تمكن الأهالي من بناء مسجد بطراز حديث تستولي عليه وزارة الأوقاف حينها، كما حدث لمسجد شارع فلسطين، الذي نجم عنه دعاوى كثيرة لاستعادته وقامت مجموعة من الأهالي بإعادته بعد أحداث سامراء، ونحن لا نقبل بذلك فمن غير الممكن حل جميع الإشكاليات بالقوة، وهنا اتفقنا فعلا مع الوقف السني لإعادة جميع الأملاك لكلا الطرفين، لأنه لا يجوز الصلاة على ارض مغتصبة». وبشأن إعادة ترميم مرقدي الإماميين العسكريين في سامراء، قال عبد الرزاق: «كانت (اليونسكو) تشرف على عمليات تأهيل المرقد وعمليات الاستكشاف الأولى، من تنقيب وتحليل وتصاميم وإزالة أنقاض، لكننا وجدنا أن عمل المنظمة بطيء جدا وهذا أخر العمل والان فعلا تمت إزالة الأنقاض وجرى إشراك كوادر عراقية متميزة في العمل، بمن فيهم الخبير العراقي المتخصص ببناء الأبنية الإسلامية الدكتور محمد علي الشهرستاني الذي ساهم في توسعة الروضة الكاظمية والإمام الرضا ومباني كربلاء، ولديه أفكار حديثة جدا بشأن استخدام الفضاءات والتبريد والاستفادة من المساحات والتوسعة، كما بدأنا بمرحلة أخرى بعد إتمام الخرائط فتحديد الجدران المراد هدمها والإبقاء على الأخرى مع الاهتمام بالإبقاء على ذات التصميم، لكن باختلاف معين وهو بناء قبتين بينهما حاجز أمني مضاد للقذائف فلا يمكن اختراقها لوجود حاجز معدني بين القبتين».
أما عن إدارة شؤون مرقدي الإماميين العسكريين، فقد أكد عبد الرزاق «أن العتبات المقدسة تخضع لقانون خاص بها، وفيها إدارات شبه مستقلة وفيها أقسام منها سياحة دينية وهندسية يعني أشبه بمديرية عامة، أما أمين عام العتبة فهو ليس بموظف رسمي وإنما يعمل وفق عقد لمدة ثلاث سنوات قابل للتجديد، ومن شروط الوظيفة موافقة المرجع الديني على تعيينه، ولدينا الآن في النجف المهندس مهدي أمين عتبة الإمام علي، وفي الكاظمية فاضل الانباري والعتبة الحسينية مهدي الكربلائي والعباسية احمد الصافي، وبعد إنهاء أعمال البناء في مرقدي الإماميين العسكريين في سامراء سنقوم بتعيين أمين جديد لها، مؤكدا انه ووفق القانون، فالحضرة العسكرية تابعة للوقف الشيعي».