أعلنت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان تقريرها عن حالة الحريات العامة، والحقوق السياسية والمدنية في مصر عن العام 2007 قائلة إن «14 مصرياً تعرضوا للتعذيب حتى الموت في السجون خلال العام الماضي، مقابل وفاة ستة لنفس السبب عام 2006، و15 حالة في 2005، و 22 مصرياً في 2004، و7 مصريين عام 2001، ومثلهم عام 2000، ليرتفع عدد قتلى التعذيب منذ مطلع الألفية الجديدة حتى الآن إلى 93».
وجاء التقرير وسط انتقادات دولية ومحلية لحالة حقوق الإنسان في مصر، على خلفية الحكم بسجن الناشط الحقوقي الدكتور سعد الدين إبراهيم سنتين لإدانته قضائياً بالإضرار بالأمن القومي للبلاد، وحديث عن تعذيب في أقسام الشرطة، إذ حذرت المنظمة المصرية من استغلال القضاء في الإضرار بالمعارضين، ونبه الأمين العام للمنظمة حافظ أبو سعدة، الحكومة المصرية إلى ضرورة التوقف عن ذلك تماماً، قائلاًًَ في تصريحات لـ «الشرق الأوسط»: إن «الآليات الدولية الجديدة فيما يتعلق بالتعامل مع حقوق الإنسان مَكَّنت المجتمع الدولي ممثلاً في مجلس الأمن والمحكمة الجنائية الدولية من التدخل في الشؤون الداخلية للدول، وأصبح ممكناً محاكمة الرئيس والمسؤولين الكبار في أي دولة».
وأكد أبو سعدة «أن وزارة الداخلية التي تتبعها السجون ومراكز الاحتجاز طلبت نسخة من هذا التقرير لكنها لا تهتم بالرد على ما يرد فيه، بينما تصلنا ردود من وزارات أخرى غير وزارة الداخلية على الشكاوى التي نتلقاها، ونقوم بتحويلها إلى تلك الجهات»، مشيراً إلى «أن المنظمة لا تسجل حالات التعذيب إلا بناءً على تقارير رسمية ولا تلتفت لادعاءات لا تثبتها تقارير رسمية». وسجل التقرير انتهاكات أخرى لحقوق الإنسان عام 2007 بينها العقاب الجماعي والاختفاء القسري وانتهاك الحق في التعبير عن الرأي والحق في محاكمة عادلة والحق في التنقل. وتفيد المنظمة أنها سجلت 70 حالة اختفاء قسري منذ عام 1992 حتى عام 2007 الذي سجلت خلاله حالة واحدة. وأضافت أن 54 حالة مازال أصحابها مفقودين.
وأشار التقرير إلى أن العام الماضي فقط شهد 40 حالة، بزيادة 10 حالات عن العام السابق عليه، ليرتفع عدد حالات التعذيب من سنة 2000 حتى 2007 إلى 226 حالة تعذيب، كما وقعت 15 حالة احتجاز تعسفي من أصل 217 حالة وقعت في السنوات السبع الماضية. وذكر التقرير أنه تم تقديم عدة قضايا لصحافيين أمام القضاء، خلال الفترة من عام 2002 إلى 2007 وأن عام 2006 تصدر تلك السنوات في عدد القضايا ضد الصحافيين (26 قضية)، في حين شهد العام الماضي 22 قضية، واحتل عام 2003 المرتبة الثالثة (16 قضية)، و12 قضية في عام 2002، و9 قضايا في عام 2004، وتراجع عدد القضايا ضد الصحافيين في عام 2005 إلى 5 قضايا فقط.