يتعرض مسؤول البنتاغون الذي يشرف على سير المحاكمات في غوانتانامو إلى تحقيقين بشأن إدارته خلال المحاكمات، أحدهما يشمل التحقيق الأخلاقي فيما يتعلق بما إذا كان قد استغل سلطاته وأثر بصورة غير قانونية في محاكمات المحاربين الأعداء. وأشار مسؤول عسكري إلى أن التحقيق الداخلي الذي أجرته القوات الجوية فيما يتعلق بأنشطة الجنرال توماس دبليو هارتمان يعد الأبرز في القضيتين، حيث أجرى التحقيق في أعقاب تحقيق أولى وجد أسسًا قوية لتحريك الدعوى. وتقوم القوات الجوية بمراجعة الادعاءات بأن الجنرال هارتمان مارس ضغوطًا على المدعين العامين والضباط اللوجستيين وآخرين بغوانتانامو والتأكيدات بأنه دافع عن استخدام الأدلة المأخوذة تحت وطأة التعذيب على الرغم من اعتراضات المدعين العامين. من جهة أخرى، أشار محامون عسكريون إلى أنه يتم النظر أيضًا في الادعاءات بأن هارتمان قدم بيانات مضللة ـ بصورة متعمدة ـ سواء على المستوى العام أو أثناء سير دعوى المحاكمات، في محاولة للتقليل من الدور المباشر الذي لعبه في جهود سير الدعاوى الكلية وفي قضايا عدة. أما التحقيق الثاني، فقد قام به المفتش العام في وزارة الدفاع بناء على شكاوى من ضابطين عسكريين على الأقل على إثر الادعاء بأن هارتمان مارس ضدهما سلوكًا انتقاميًا تعسفيًا خلال عملهما في مكتب اللجان العسكرية، حيث يشرف هذا المكتب على المدعين العامين ومحامي الدفاع في محاكمات الإرهاب التي تجري في قاعدة خليج غوانتانامو في كوبا. ومن المرجح أن تسهم تلك التحقيقات في تقويض الثقة في مصداقية المحاكمات خاصة مع اقتراب محاكمة بعض كبار الشخصيات المتهمة بالإرهاب والتي تضم محاكمة خمسة رجال يتهمون بأنهم ساهموا في التخطيط لهجمات 11 سبتمبر، والتي يتم الإعداد لها حسب ما ذكره بعض محامي الدفاع العسكريين في غوانتانامو ممن كانوا في السابق مدعين عامين، لكنهم استقالوا احتجاجًا على المحاكمات، وكذلك حسب ما ذكره بعض مسؤولي حقوق الإنسان. وتقول هينا شامسي المحامية عن اتحاد الحريات المدنية الأميركية، والتي عينت كمراقبة للمحاكمات في غوانتانامو: «تبعد التحقيقات الشكوك حول القرارات التي اتخذت خلال توليه المنصب».وكان هارتمان، 63 عامًا، يعمل مستشاراً قانونيًا لمدير المحاكمات حتى الشهر الماضي، عندما تولى المنصب الذي تم استحداثه أخيرًا كمدير للعمليات والتخطيط وتطوير المحاكمات العسكرية. وكان كبير المستشارين لشركة إم إكس إنرجي هولدينجز التي تتخذ من ولاية كونيكتيكت مقرًا لها، وأحد الجنرالات الاحتياط في القوات الجوية، قد أعيد إلى الخدمة عام 2007 لتلك المهمة خصيصًا في محاكمات غوانتانامو. وقال ديلا فيدوا المتحدث باسم هارتمان ومكتب اللجان العسكرية إن الجنرال كان على علم بتحقيقات القوات الجوية، لكنه لن يتمكن هو أو أي من أفراد المكتب من التعليق. وقال: «ليس هناك ما يمكننا قوله حتى تنتهي التحقيقات».