إضافة الى الخلاف حول مجالس الإسناد، هناك سلسلة مطولة من المشاكل العالقة بين اقليم كردستان وحكومة نوري المالكي، تحولت الى عقبة كأداء، ومن العسير حلها بالرغم من استمرار الحوار بين الطرفين. ومن أبرز هذه الخلافات: ـ المناطق المتنازع عليها والتي يعتبرها الاقليم جزءا من اراضي كردستان، استقطعت منها في عهد النظام السابق وينبغى اعادتها الى الهيكل الاداري لللإقليم، وفقا للمادة 140 من الدستور. ـ العقود النفطية التي تبرمها حكومة الاقليم مع الشركات الأجنبية، والتي تعتبرها وزارة النفط العراقية مخالفة للدستور والصلاحيات الممنوحة للأقليم.
ـ قوات البيشمركة التي يطالب الاقليم بضمها الى القوات المسلحة العراقية، وصرف نفقاتها من ميزانية وزارة الدفاع العراقية.
ـ العدد الهائل من مقاتلي البيشمركة المحالين على التقاعد، والذين يطالب الاقليم السلطات الاتحادية بصرف رواتبهم.
ـ العائدات الجمركية الهائلة المتأتية من المعابر التجارية في الاقليم، والكائنة على الحدود مع ايران وسورية وتركيا، والتي تطالب السلطات المركزية حكومة الاقليم بتسليمها.
ـ الضباط الكرد غير المتخرجين من اكاديميات عسكرية رسمية، والذين عينوا غالبا في صفوف قوى الأمن الداخلي في المناطق المتنازع عليها.