شهدت الاتفاقية الامنية، التي ستدخل حيز التنفيذ مطلع العام المقبل، نقاطا خلافية متعددة، اسفرت عن تأخير ابرامها لنحو عام، وفي ما يلي ابرز تلك النقاط وآخر صياغة لها: الانسحاب الاميركي من العراق: جاء في الصياغتين السابقة والأخيرة انه «يجب ان تنسحب جميع قوات الولايات المتحدة من جميع الاراضي العراقية في موعد لا يتعدى 31 ديسمبر (كانون الاول) عام 2011 . ويجب ان تنسحب جميع قوات الولايات المتحدة المقاتلة من المدن والقرى والقصبات العراقية في موعد لا يتعدى 30 يونيو (حزيران) عام 2009» وان «يقوم الطرفان بمراجعة التقدم الذي تم تحقيقه باتجاه الوفاء بالتاريخ المحدد.. والأحوال التي يمكن أن تسمح لكل من الطرفين أن يطلب من الطرف الآخر، إما تقليص الفترة المحددة.. أو تمديدها»، ولكن اضيف للصياغة الأخيرة ما ينص على ان «تعترف الولايات المتحدة بالحق السيادي لحكومة العراق في ان تطلب خروج قوات الولايات المتحدة من العراق في اي وقت. وتعترف حكومة العراق بالحق السيادي للولايات المتحدة في سحب قوات الولايات المتحدة من العراق في اي وقت».
الولاية القضائية وحصانة الجنود الأميركيين: جاء في الصياغة السابقة انه «يكون للولايات المتحدة الحق الرئيسي لممارسة الولاية القضائية على أفراد القوات والعنصر المدني بشأن أمور تقع داخل المنشآت والمساحات المتفق عليها، وأثناء حالة الواجب خارج المنشآت والمساحات المتفق عليها..» بينما «يكون للعراق الحق الرئيسي لممارسة الولاية القضائية على أفراد القوات والعنصر المدني، وذلك بشأن الجنايات الجسيمة والمتعمدة التي ورد سردها طبقاً للفقرة الثامنة، والتي يتم ارتكابها خارج المنشآت والمساحات المتفق عليها أثناء خارج حالة الواجب». اما الصياغة النهائية فتنص على ان «للعراق الحق الاولي لممارسة الولاية القضائية على افراد قوات الولايات المتحدة ومستخدميهم. وللولايات المتحدة الحق الاولي لممارسة الولاية القضائية على افراد قوات الولايات المتحدة وافراد العنصر المدني بشأن امور تقع داخل المنشآت والمساحات المتفق عليها، وفي اثناء تأدية الواجب خارج المنشآت والمساحات المتفق عليها». تفتيش المواد الداخلة الى العراق والبريد: رفض المفاوضون الاميركيون طلبا عراقيا بتفتيش المواد التي تدخلها القوات الاميركية للعراق، مثل معدات او تجهيزات او تكنولوجيا، فضلا عن تفتيش البريد، وجاء في الصياغة الأخيرة انه «لا تخضع للتفتيش عمليات استيراد مثل هذه المواد واعادة تصديرها ونقلها واستخدامها، ولا تخضع كذلك لمتطلبات الاجازات او لاي قيود اخرى او ضرائب او رسوم جمركية او اي رسوم اخرى تفرض في العراق.. وللسلطات العراقية، استنادا الى معلومات امنية متوفرة لديها، الحق في الطلب من قوات الولايات المتحدة وبحضورها فتح اي من الحاويات التي توجد فيها تلك المواد المستوردة للتحقق من محتوياتها. وعلى السلطات العراقية حين تقديم هذا الطلب ان تحترم المتطلبات الامنية من قبل الولايات المتحدة»، مضيفا ان «اي تفتيش للمواد من قبل السلطات العراقية.. يجب ان يتم بصورة عاجلة في مكان متفق عليه، ووفقا للاجراءات التي تضعها اللجنة المشتركة». وبالنسبة للبريد فقد جاء في نص الاتفاقية «يخضع البريد المرسل عن طريق خدمات البريد العسكري الى تصديق سلطات الولايات المتحدة ويعفى من التفتيش والبحث والمصادرة من جانب السلطات العراقية، باستثناء البريد غير الرسمي الذي قد يخضع للمراقبة الالكترونية». اللجنة المشتركة: اختلف الاميركيون والعراقيون حول مهام وادارة اللجنة المشتركة بين الطرفين التي ستدرس القضايا المختلف عليها بين الطرفين في المستقبل، وقرر الجانبان في المسودة الاخيرة تشكيل لجنة وزارية مشتركة يكون اعضاؤها اشخاصا على المستوى الوزاري يحددهم الطرفان. وتتولى النظر والبت في القضايا الاساسية اللازمة لتفسير وتنفيذ هذا الاتفاق، وتتولى هذه اللجنة تشكيل لجنة مشتركة اخرى لتنسيق العمليات العسكرية، تتألف من ممثلي كلا الطرفين، وتكون رئاستها مشتركة بين الطرفين.
الصياغة اللغوية: وافق الطرف الاميركي على طلب عراقي باجراء تعديلات على الصياغة اللغوية للاتفاقية «كون صياغتها غير دقيقة»، كما وافق الاميركيون على تغيير اسم الاتفاقية من «اتفاقية وضع القوات الاميركية في العراق» الى «اتفاقية سحب القوات الاميركية من العراق».