انتقد عدد من الأوساط السياسية والشخصيات المسيحية المستقلة في الأراضي الفلسطينية، زيارة البابا بنديكتوس السادس عشر والتصريحات التي أدلى بها. فردّا على تصريحاته التي حاول خلالها التمييز بين الدين والسياسة، قالت عضو المجلس التشريعي الفلسطيني حنان عشراوي إن الشرق الأوسط هو المكان الوحيد في العالم الذي ترتبط فيه السياسة بالدين.
وأوضحت عشراوي، وهي مسيحية الديانة، أن أي كلمة ستصدر عن البابا سيتم قراءتها سياسيا ودينيا. ودعت عشراوي البابا أن يتذكر دوما أن الشعب الفلسطيني يعيش بلا حقوق، وأن لا يغلق عينيه أمام مأساة الشعب الفلسطيني. وقالت: «لا ننسى أن الكرامة والعدل ديسا في قطاع غزة حيث إن مليونا ونصفا مجبرون على العيش بعزلة عن العالم في سجن كبير, كما أن العدالة والكرامة لا يمكن لهما أن ينموا في ظل الجدار الذي أقامته إسرائيل في الضفة الغربية, لذلك فعلى البابا أن لا يغلق عينيه أمام هذه المأساة, فهناك شعب تهدر حقوقه وتُداس وهو الشعب الفلسطيني وهذه حقيقة تاريخية لا يمكن تعتيمها».
أما حركة حماس فقد اعتبرت أن زيارة البابا ستجمّل وجه إسرائيل بعد ما ارتكبته من مجازر ومحارق بحق أطفال ونساء وشيوخ غزة، واستخدامها أسلحة الدمار الشامل المحرمة دوليا في قتل الأطفال وقصف المساجد والكنائس ودور العبادة. وفي بيان صادر عنها قالت حماس إن زيارة البابا ستضعف من فرص ملاحقة قيادة إسرائيل كمجرمي حرب «ارتكبوا مجازر ومحارق بحق الشعب الفلسطيني تحت سمع وبصر العالم أجمع، ونحن نستغرب من تسويق البابا لفكرة حل الدولتين، فهذا يعني تأييد قيام دولة يهودية عنصرية متطرفة تشكل خطرا على الشعب الفلسطيني».
وانتقدت حماس بشكل خاص تعبير البابا عن تعاطفه مع عائلة الجندي الإسرائيلي الأسير جلعاد شليط، معتبرة أن هذا التعاطف في غير محله، لأنه يتجاهل معاناة 12 ألف أسير فلسطيني يمارس بحقهم أشكال الظلم والقهر والتعذيب والحرمان كافة.
من ناحيتها قالت حركة الجهاد الإسلامي إن تصريحات البابا خلال زيارته للأردن «لا تبعث على الثقة في نوايا الكنيسة الغربية وعلاقتها مع المسلمين». وفي بيان لها قالت الجهاد إن تصريحات البابا رفعت مستوى الغضب لدى المسلمين لأنه تناسى أن أرض فلسطين محتلة. وأضاف البيان: «على ما يبدو فإن عين البابا لم تشاهد محاولات اليهود الصهاينة سرقة الأماكن المسيحية المقدسة والاعتداء عليها، أو أن أذنه لم تسمع بهدير الجرافات وهي تهدم بيوت المقدسيين من المسلمين والمسيحيين الذين يتّحدون في مواجهة غول التهويد والاستيطان الصهيوني، أو أن هذا كله لم يعد يهم الكنيسة الغربية في سبيل كسب ود اليهود الصهاينة ومجاملتهم على حساب حقوق الشعب الفلسطيني التي اغتُصبت بفعل التواطؤ الأميركي والغربي». ووصفت الجهاد تصريحات البابا المهادنة لليهود بأنها مجاملة اليهود ونفاق للصهيونية، «وستؤسس لحالة من انعدام الثقة، ولن يسهم على الإطلاق في تعزيز العلاقة بين الإسلام والكنيسة الغربية، بل يعيدنا إلى الوراء ويستحضر العداوات والنعرات الصليبية التي يتنادى لها رجال المسيحية الصهيونية والبروتستانتية، وهو ما لا ينسجم مع رداء السلام الذي يتقدم البابا لارتدائه اليوم».
ورفضت لجان المقاومة الشعبية الفلسطينية تصريحات البابا التي وصفتها بـ«الانتهازية وغير المسؤولة». وفي بيان تلقت «الشرق الأوسط» نسخة عنه استهجنت اللجان عدم دفاع البابا عما يتعرض له النصارى وأماكنهم المقدسة في فلسطين من اعتداءات متكررة من قِبل الجيش الإسرائيلي.