قرر مفوض الحكومة لدى المحكمة العسكرية اللبنانية القاضي صقر صقر بعد التشاور مع النائب العام التمييزي القاضي سعيد ميرزا، ترك الباخرة «فرانكوب» وقبطانها والبحّارة الذين كانوا على متنها، بعد انتهاء التحقيقات التي أجريت مع القبطان والبحارة، وبعدما تبين أن المستوعبات الموجودة على متن هذه الباخرة الآتية إلى لبنان خالية من المتفجرات والأسلحة والممنوعات، بل هي خالية من أي شيء.
وكشف مصدر قضائي بارز أن قبطان الباخرة وبحارتها، وعددهم سبعة، جميعهم من جنسيات أوروبية، مشيرا إلى أن الأجهزة اللبنانية لا صلاحية لها للتحقيق في ما كانت تحمله هذه الباخرة ومن أين انطلقت وإلى أي دولة كانت متوجهة، مؤكدا أن كل ما يعني لبنان أنها عندما رست في مرفأ بيروت لم تكن تحمل أي بضاعة خطرة أو مخالفة للقوانين اللبنانية. وبالتالي لم تذهب السلطات اللبنانية أبعد من ذلك، علما أن مخابرات الجيش اللبناني هي التي أجرت التحقيقات.
وكان الجيش اللبناني قد قال إن السفينة حُمّلت في مرفأ دمياط المصري، قبل توجهها إلى ليماسول. وبعد انطلاقها من هناك احتجزتها البحرية الإسرائيلية وزعمت إسرائيل أنها تحمل أسلحة إيرانية لحزب الله، قبل أن تطلقها لترسو في لبنان. وتحمل السفينة ترفع علم أنتيغوا وباربودا وهي ملك الشركة الألمانية «Francop Schiffahrts GmbH & Co». ويشار إلى أن الدائرة الإعلامية في حزب الله أصدرت في حينه بيانا نفت فيه «نفيا قاطعا أي علاقة له بالأسلحة التي يدعي العدو الصهيوني أنه صادرها من سفينة فرانكوب»، معلنة إدانة حزب الله «القرصنة الإسرائيلية في المياه الدولية». كما نفت إيران أن تكون قد أرسلت أسلحة على متن السفينة لحزب الله.