شارك في انتخابات رئيس الجمهورية 12 مرشحا وردت أسماؤهم على قوائم الانتخابات، على الرغم من انسحاب 3 منهم، وخصوصا ياسر عرمان والصادق المهدي. كما أعلن المشاركان حاتم السر وعبد الله دينق نيال رفضهما لنتائج الانتخابات، واتهما المؤتمر الوطني بالتزوير.
* انتخابات رئيس الجمهورية:
بلغ عدد الأصوات الصحيحة وفق المفوضية القومية للانتخابات 10114310 أصوات، وكان يتعين للفوز من الدورة الأولى الحصول على نسبة 50% زائد صوت واحد.
- عمر حسن أحمد البشير: حزب المؤتمر الوطني 6901694 صوتا 68.24% - ياسر سعيد عرمان: الحركة الشعبية لتحرير السودان 2193826 صوتا 21.69% - عبد الله دينق نيال أيوم: المؤتمر الشعبي 396139 صوتا 3.91% - حاتم السر علي سيكنجو: الاتحادي الديمقراطي الأصل 195668 صوتا 1.93% - الصادق المهدي: حزب الأمة القومي 96868 صوتا 0.96%
* رئيس حكومة جنوب السودان:
ترشح لمنصب رئيس حكومة جنوب السودان اثنان فقط، وبلغ عدد الأصوات الصحيحة 2813830 صوتا.
وكان يتعين للفوز من الدورة الأولى الحصول على نسبة 50% زائد صوت واحد.
- سلفا كير: الحركة الشعبية لتحرير السودان 2616613 صوتا 92.99% - لام أكول أجاوين: الحركة الشعبية لتحرير السودان - التغيير الديمقراطي 197217 صوتا 7.01%