على الرغم من التوتر السياسي بين الحكومتين والهجوم الكاسح لرئيس الوزراء التركي، رجب طيب أردوغان، على السياسة الإسرائيلية، فإن العلاقات العسكرية والأمنية بين الطرفين مستمرة ومتينة، وهناك لقاءات بين قادة الجيشين وحتى تدريبات عسكرية مشتركة. هذا ما كشفه رئيس أركان الجيش الإسرائيلي، الجنرال غابي أشكنازي، خلال تقريره أمام لجنة الخارجية والأمن في الكنيست، مؤكدا أن الأمور بين البلدين ليست كما تظهر في وسائل الإعلام وأن هناك مصالح أمنية واستراتيجية مشتركة بينهما أقوى من الخلافات السياسية. وهناك معارضة أيضا، حسب قوله، من شرائح واسعة في المجتمع التركي غير راضية عن اللهجة العدائية التي يستخدمها أردوغان وبعض المقربين منه.
وقال أشكنازي إنه شخصيا يقيم علاقات مع نظيره التركي وإنهما يتحدثان من آن لآخر ويلتقيان. وقال إنهما تكلما بعد أزمة أسطول الحرية. وكشف أنه في الوقت الذي التقى فيه وزير التجارة والصناعة الإسرائيلي، بنيامين بن أليعازر، وزير الخارجية التركي أحمد داود أوغلو، في بروكسل، نهاية الأسبوع الماضي، جرى لقاء آخر لا يقل أهمية بل أكثر إيجابية بين قائد الجيش الإسرائيلي، الجنرال سامي تورجمان، وبين نظيره التركي المرشح لترأس هيئة أركان الجيش في بلاده. وفي تفسيره لهذا التناقض في الموقف التركي، قال أشكنازي إن هناك علاقات مشتركة متينة لأن هناك مصالح استراتيجية. وأكد أنه رغم القرار التركي إغلاق سماء البلاد في وجه الطائرات العسكرية الإسرائيلية، فإن هناك تدريبات مشتركة بين الجيشين وهناك لقاءات على مختلف المستويات بين قادة الجيشين.