أبرق خادم الحرمين الشريفين الملك عبد الله بن عبد العزيز معزيا ومواسيا الملك حمد بن عيسى آل خليفة ملك البحرين في وفاة الشيخ عيسى بن إبراهيم آل خليفة، وقال: «علمنا ببالغ الأسى بنبأ وفاة الشيخ عيسى بن إبراهيم بن محمد آل خليفة رحمه الله، وإننا إذ نبعث لكم ولأسرتكم الكريمة ببالغ التعازي وصادق المواساة، لنسأل الله عز وجل أن يتغمده بواسع رحمته ومغفرته ويسكنه فسيح جناته».
كما بعث نائب خادم الحرمين الشريفين الأمير سلطان بن عبد العزيز ببرقية للعاهل البحريني معزيا في الشيخ الفقيد، وقال: «تلقيت ببالغ الحزن نبأ وفاة الشيخ عيسى بن إبراهيم بن محمد آل خليفة، رحمه الله. وإنني أبعث لكم ولأسرتكم الكريمة أحر التعازي وأصدق المواساة، داعيا المولى سبحانه وتعالى أن يتغمده بواسع رحمته ورضوانه ويسكنه فسيح جناته».