نفى البابا شنودة الثالث بابا المسيحيين الأرثوذكس بمصر اتهامات المفكر الإسلامي محمد سليم العوا للكنيسة بأنها تخبئ الأسلحة داخل الكنائس والأديرة، قائلا «هذا الموضوع تتم إثارته بين حين وآخر بدون أي دليل، ومثل هذه المزاعم تثير الجماهير، ولا يوجد لها أي دليل».
وأضاف البابا شنودة، في تصريحات له الليلة قبل الماضية: «كافة الكنائس مفتوحة ويدخلها الجميع بدون عائق، إخوتنا المسلمون، وهم أحباؤنا يدخلونها ويشاركوننا في أفراحنا وأحزاننا كما أن الأديرة يدخلها أي إنسان، على اعتبار أنها آثار ويشاهدونها من الداخل»، مؤكدا أن «القبطي لا يحمل سلاحا إلا في حالتين، إذا كان يخدم في الشرطة، أو في القوات المسلحة، وفي هذه الحالة يحمل سلاح الدولة وليس سلاحه الخاص»، وشدد البابا شنودة على أن هذا الموضوع برمته قد تم فتحه للإثارة ولتهييج الناس ولا دليل عليه.
ورفض البابا شنودة الاتهامات الموجهة للكنيسة أنها تنسق في مواقفها في بعض الأحيان مع الحكومة في مصر بهدف الحصول على بعض المكاسب الخاصة مقابل تقديم الدعم للنظام، وقال «إن ذلك يعتبر عملية تجارة ولا يعتبر ضميرا لأن الضمير أن الفرد إذا ساند الحكم يسانده عن ثقة، ولكن إذا كان ذلك بهدف مقابل، فإن ذلك يعتبر عملية اقتصادية، ليست من شغل رجال دين»، مضيفا «نحن لا نعمل بالسياسة وهذا ليس هدفنا، ولكن ذلك لا يمنع أن نكون مواطنين نقوم بواجبنا السياسي، مثلا أنا في الانتخابات أؤدي واجبي السياسي وأدلي بصوتي لأشترك في سياسة بلدي دون أن أعمل في السياسة».
وأعرب البابا شنودة عن اعتقاده أن تهدئة الاحتقان بين المسلمين والمسيحيين في مصر تتطلب شكلا من أشكال التفاهم والحوار والبحث عن القواعد المشتركة والمصلحة المشتركة بين أبناء الوطن الواحد للوصول إلى السلام الحقيقي. وكان البابا شنودة قد أعرب عن أسفه في تصريحات تلفزيونية له قبل يومين للمسلمين عن تصريحات نسبت للأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس مسيئة للإسلام.
وقال البابا شنودة «أنا آسف جدا لأن يحدث جرح لشعور إخواننا المسلمين.. ومستعدون لترضيهم بأي طريقة».