اعترفت إدارة المحاكم في إسرائيل بأن التمييز ضد المواطنين العرب (فلسطينيي 48) يسود أيضا في القضاء، وأن احتمالات إدانة متهم عربي في أية قضية أعلى من احتمالات إدانة اليهود، كما أن احتمال فرض عقوبات أشد عليهم أعلى من اليهود في تهم شبيهة.
وجاء هذا الاعتراف في دراسة أجراها، بناء على طلب إدارة المحاكم ونقابة المحامين، أساتذة في القانون هم غيورا راهاف وآفي ياعر ويورام رابين، وقام جهاز القضاء بتمويلها، وذلك في أعقاب ادعاءات تشير إلى أن القضاة يشددون في الأحكام على المتهمين العرب بالمقارنة مع اليهود.
وتناولت الدراسة السنوات 1996 - 2005 كنموذج، فتبين أن هناك فجوة في فرض العقوبات في المحاكم الإسرائيلية بين المتهمين العرب واليهود، حيث يتم فرض السجن الفعلي على العرب بوتيرة أعلى مما هي لدى اليهود الذين أدينوا بتهم مماثلة، علاوة على أن مدة الحبس هي أعلى أيضا.
وجاء في الدراسة أن 48.3 في المائة من العرب الذين أدينوا بمخالفات تتصل بالعنف والممتلكات والمخدرات والسلاح قد حكم عليهم بالسجن الفعلي مقابل 33.6 في المائة من اليهود الذين تمت إدانتهم بتهم مماثلة. كما تم فرض عقوبات سجن فعلي على اليهود بمعدل تسعة شهور ونصف الشهر، في حين كان المعدل في وسط العرب 14 شهرا.
ودققت الدراسة نحو 1500 ملف جنائي في المخالفات المشار إليها، التي تم تداولها في 6 محاكم صلح و3 محاكم مركزية بين السنوات 1996 - 2005. وبينت الدراسة أنه في كل 8 من 9 مقارنات كانت نسبة فرض أحكام بالسجن الفعلي أو السجن الفعلي مع وقف التنفيذ تشير إلى فجوة بين المجموعتين ضد العرب. كما بينت الدراسة أن هناك فجوة كبيرة بين المدانين اليهود والعرب الذين حكم عليهم بالسجن الفعلي، بحيث كانت الفجوة كافية لفصل ملفات العنف عن باقي الملفات التي تمت دراستها، إذ حكم بالحبس الفعلي على 63.5 في المائة من المدانين العرب مقابل 43.7 في المائة فقط من المدانين اليهود. وتبين أيضا أن هناك فجوة لدى فرض أحكام بالحبس الفعلي مع وقف التنفيذ، حيث كانت نسبة المدانين العرب 78.7 في المائة، مقابل 71.2 في المائة من المدانين اليهود.
ولم تتطرق هذه الدراسة إلى الأوضاع في المحاكم العسكرية، التي يتم فيها بحث القضايا الأمنية، وهناك الفوارق بين العرب مرتكبي المخالفات الأمنية وبين اليهود أكبر بكثير.