ردت إسرائيل بعصبية بالغة على قرار قبول فلسطين عضوا كاملا في اليونيسكو، وتضمن ردها تهديدا بمقاطعة كل من المنظمة الثقافية الدولية والسلطة الفلسطينية.
وبدا أن الغضب الإسرائيلي لا يقتصر على المغزى السياسي لقبول فلسطين، بل على تبعاته العملية. فاليونيسكو كما هو معروف تتعاطى مع المعالم التاريخية ذات الأهمية التراثية والثقافية. وقبول فلسطين عضوا كاملا، سيفتح جبهة دولية جديدة على إسرائيل، لأن الكثير من المعالم الثقافية التي تسيطر عليها إسرائيل اليوم، بحكم احتلالها للأراضي الفلسطينية، ستصبح من حق فلسطين، خصوصا في القدس الشرقية الزاخرة بالأماكن المقدسة والمعالم التاريخية، ويدور نقاش دائم حولها، لأن الاحتلال الإسرائيلي يشوه تاريخها، وكذلك الأمر بالنسبة لمواقع أخرى ذات أهمية تاريخية وحضارية وثقافية في الضفة الغربية.
وقد أصدرت وزارة الخارجية الإسرائيلية بيانا استنكرت فيه قرار اليونيسكو، وهددت بالامتناع عن التعاون معها في المستقبل. وقال البيان إن «هذه ألعوبة فلسطينية تخلد السياسة الأحادية الجانب وتبعد فرص السلام». وقال مكتب المندوب الإسرائيلي في اليونيسكو، إن القرار هو مأساة لفكرة اليونيسكو كمنظمة ثقافية علمية. واعتبر القرار تسييسا لليونيسكو.
وأعربت أوساط إسرائيلية عن استهجانها من تصويت فرنسا التي أيدت الاقتراح، خصوصا أن الناطق بلسان الخارجية الفرنسية، بيرنار غاليرو، كان قد انتقد الطلب الفلسطيني من اليونيسكو، وقال إن هذه خطوة مبكرة لم يحن وقتها. كما استغربت إسرائيل من الموقف البريطاني والإيطالي (امتناع عن التصويت).