يستقبل اليوم دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون بمحافظة البحيرة جثمان البابا شنودة الثالث تنفيذا لوصيته بالدفن داخل الدير الذي كان يلجأ إليه دائما للتعبد والخلوة أو للتعبير عن احتجاجه لأمر يرفضه.
وجرت استعدادات قصوى من قبل رجال الشرطة والجيش في مصر ومجلس مدينة وادي النطرون لاستقبال جثمان البابا شنودة وتأمينه، وقد قام مجلس المدينة بتجهيز مهبط الطائرة وجانبي الطريق الذي يصل إلى الدير مباشرة ليستوعب الأعداد الكبيرة المتوقع حضورها.
ويعد دير الأنبا بيشوي من أهم المناطق الأثرية بمصر، حيث يرجع تاريخ إنشائه إلى أواخر القرن الرابع الميلادي تحت قيادة الأنبا بيشوي، وهو أكبر أديرة وادي النطرون، حيث تبلغ مساحته نحو فدانين، ويضم 5 كنائس أكبرها كنيسة «الأنبا بيشوي»، بجانب مبنى للضيافة وحديقة واسعة ومكتبة، وفيه الكثير من الأماكن المميزة مثل المائدة الأثرية وبئر الشهداء، بجانب الكثير من الأماكن التي يقطن بها الرهبان.
ويحتل الدير مكانة خاصة في قلب البابا شنودة، ففيه علم بنبأ توليه بطريرك الكرازة، وكان المكان الذي يلجأ إليه البابا للخلوة والعبادة. كما قضى بين جدرانه 4 سنوات كاملة عندما حدد الرئيس المصري الراحل أنور السادات إقامته هناك عام 1981 لانتقاده معالجة الحكومة لعنف الإسلاميين المتشددين في السبعينات من القرن الماضي، وما اعتبره اضطهادا للمسيحيين، إضافة إلى موقفه الرافض لمعاهدة السلام التي أبرمتها مصر مع إسرائيل عام 1979.