يحفل تاريخ السكك الحديدية في مصر بالعديد من الحوادث والأعطال المتكررة، وفي ما يلي أهم حوادث القطارات التي وقعت بمصر:
- في ديسمبر (كانون الأول) 1993 قتل 12 شخصا وأصيب 60 في تصادم قطارين على بعد 90 كيلومترا شمالي القاهرة.
- ديسمبر 1995 قتل 75 راكبا وأصيب المئات في تصادم قطار بمؤخرة قطار آخر.
- فبراير (شباط) 1997 أدى خلل بشري وخلل في الإشارات إلى وقوع تصادم بين قطارين شمال مدينة أسوان مما أدى إلى وقوع 11 قتيلا على الأقل والعديد من الإصابات.
- أكتوبر (تشرين الأول) 1998 اصطدم قطار بالقرب من الإسكندرية بأحد المصدات الإسمنتية الضخمة، مما أدى إلى اندفاعها نحو الموجودين بالقرب من المكان، وخروج القطار نحو إحدى الأسواق المزدحمة بالبائعين المتجولين مما أدى إلى مقتل 50 شخصا وإصابة أكثر من 80، وكان معظم الضحايا ممن كانوا بالسوق أو اصطدم بهم المصد الإسمنتي، وأرجعت التحقيقات السبب وقتها إلى عبث أحد الركاب المخالفين في الركوب بفرامل الهواء بالقطار.
- نوفمبر (تشرين الثاني) 1999 اصطدم قطار متجه من القاهرة إلى الإسكندرية بشاحنة نقل وخرج عن القضبان متجها إلى الأراضي الزراعية مما أسفر عن وقوع 10 قتلى وإصابة 7 آخرين.
- فبراير 2002، وقعت كارثة العياط التي تعد الأكبر في تاريخ سكك حديد مصر؛ حيث شب حريق في قطار مكتظ أثناء سيره مما أسفر عن مقتل 361 شخصا معظمهم احترقوا بعد أن فشلوا في الخروج من العربات المشتعلة.
- أغسطس (آب) 2006 قتل 58 شخصا على الأقل وأصيب 144 في اصطدام قطارين أحدهما آت من المنصورة متجها إلى القاهرة والآخر آت من بنها على الاتجاه نفسها مما أدى إلى وقوع تصادم عنيف بين القطارين.
- يوليو (تموز) 2007 اصطدام قطارين شمال مدينة القاهرة راح ضحيته 58 شخصا كما جرح أكثر من 140 آخرين.
- يوليو 2008 قتل 44 شخصا على الأقل عندما اصطدم قطار بحافلة ركاب بالقرب من مدينة مرسى مطروح شمال غربي البلاد.
- أكتوبر 2009 تصادم قطارين في منطقة العياط على طريق القاهرة - أسيوط أدى إلى مقتل 30 شخصا وإصابة آخرين، حيث تعطل القطار الأول وجاء الثاني ليصطدم به من الخلف وهو متوقف مما أدى لانقلاب أربع عربات من القطار الأول.
- نوفمبر 2012 تصادم أتوبيس مدرسة بقطار بمنفلوط بمحافظة أسيوط مما أسفر عن وفاة 50 طفلا وإصابة نحو 15 آخرين.\