تعتبر هيئة المساءلة والعدالة البديل الطبيعي لقانون اجتثاث البعث الذي صدر في زمن الحاكم المدني بول بريمر ومجلس الحكم الانتقالي عام 2003. وتولى السياسي العراقي المعروف أحمد الجلبي رئاستها خلال تلك الفترة، بينما أصبح نوري المالكي، رئيس الوزراء الحالي، نائبا له خلال تلك الفترة، في حين تولى مثال الألوسي الذي أسس فيما بعد حزب الأمة مسؤولية الإدارة التنفيذية فيها.
وطوال سنوات من عملها أصرت القائمة العراقية وقبلها جبهة التوافق على إلغاء قانون الاجتثاث، وبالفعل فقد حل محله فيما بعد القانون الحالي (قانون المساءلة والعدالة) الذي صدر عن البرلمان العراقي بموجب القانون رقم 10 لسنة 2008.
وفي غياب اتفاق على أسماء أعضاء الهيئة بسبب الخلافات السياسية باتت الهيئة تتخذ قراراتها بموافقة رئيس الوزراء نوري المالكي ومن خلال المدير العام التنفيذي لها علي اللامي حتى اغتياله عام 2011. وخلال العام الماضي تم التصويت على أعضاء الهيئة السباعية طبقا لمبدأ المحاصصة، لكن الخلافات السياسية حالت دون انتخاب رئيس الهيئة فلاح شنشل وبختيار أمين.
وتتبع هيئة المساءلة والعدالة البرلمان لكن المحكمة الاتحادية العليا قضت العام الماضي بأحقية مجلس الوزراء بالإشراف على الهيئات المستقلة، لذا فإن الجدل لا يزال مستمرا بين البرلمان والحكومة بشأن عائدية الهيئات المستقلة، ومنها هيئة المساءلة والعدالة.