كشف المؤتمر العام الثالث لحزب الله، في عام 1993 عن الهيكلية التنظيمية والسياسية للحزب، فيما بقيت الهيكلية العسكرية سرية، لا يدركها إلا قليلون مقربون من حزب الله، مما يجعل التفريق بين القيادتين، بحسب القرار الأوروبي، مهمة صعبة.
وفي المؤتمر الثالث للحزب، انتخب أعضاء قيادته، السيد حسن نصر الله، الشيخ نعيم قاسم، الشيخ محمد يزبك، السيد هاشم صفي الدين، المعاون السياسي لنصر الله حسين خليل، والنائب محمد رعد، والنائب السابق عبد الله قصير. وتولى كل منهم قيادة شق تنظيمي سياسي في الحزب، باستثناء الجهاز العسكري الذي أنشأ الحزب المجلس الجهادي لمتابعته. وبحسب الباحث في شؤون الحركات الإسلامية قاسم قصير، أنشئ «المجلس السياسي» الذي تولى النائب محمد رعد رئاسته، ويهتم هذا المجلس بتقديم التحليل السياسي للشورى ويتابع التواصل وبناء العلاقات مع القوى السياسية والحزبية المختلفة.
أما المجلس التنفيذي الذي يرأسه الآن هاشم صفي الدين، فيعد أساس الهيكلية التنظيمية للحزب، لقدرته على الربط بين المؤسسات المالية والخدماتية والعسكرية والأمنية، كما يلعب دورا بارزا بين مجالس الحزب التنظيمية. ويعتبر المجلس التنفيذي بحسب قصير: «المسؤول عن الأنشطة والأعمال الإجرائية المرتبطة بتركيبة الحزب، وعن مؤسساته المختلفة ذات مجالس الإدارة».
ويعتبر «شورى القرار» في الحزب، المكان الذي يتخذ فيه القرار السياسي، لكن متابعين لهيكلية حزب الله التنظيمية، يقولون: إن هذا المجلس عاجز عن اتخاذ القرارات العسكرية والأمنية.
ويحصر حزب الله الأعمال العسكرية بالمجلس الجهادي، ومهمته وضع السياسة العامة «للمقاومة الإسلامية»، تحت إشراف الأمين العام للحزب وهو يضم المسؤولين عن متابعة العمليات العسكرية ضد الاحتلال الإسرائيلي وكل ما يرتبط بها إعدادا وتدريبا وتجهيزا وحماية وغير ذلك. ويتألف المجلس من رئيس المجلس التنفيذي، المسؤول العسكري، مسؤول الأمن، وممثل خاص من شورى القرار.
وتعد هيكلية حزب الله العسكرية «معقدة». ويقول رامي عليق، الذي كان قياديا في الحزب في التسعينات، قبل انفصاله عنه، إن الجهاز العسكري يعتبر «تنظيما ضمن طبقات»، مشيرا إلى أن ارتباطه بالهيئة السياسية بالحزب، يكون مباشرا في بعض الأحيان، وفي أحيان أخرى «يلتف على القرارات السياسية والهيئات التنفيذية، ويذهب باتجاه مصادر القرار الإيرانية».
ويقول عليق لـ«الشرق الأوسط» إن المجلس الجهادي في الحزب، يتضمن القيادة العسكرية، وهي بمثابة حكومة مصغرة، فيها ممثل عن قائد الحرس الثوري الإيراني لضبط القرارات العسكرية. ويعتبر جهاز الأمن هو أعلى السلطات في حزب الله، ويقول عليق إن القيادي عماد مغنية الذي قتل في انفجار سيارته في دمشق عام 2008، كان يرأس هذا الجهاز. ويضيف أن «جهاز الأمن يتجاوز القرارات السياسية ويمكن أن يكون له نفوذ يتخطى سلطة الأمين العام حسن نصر الله في الحزب». ويلفت عليق إلى أنه «في حزب الله، هناك ولاء لأجنحة داخله، وليس للقيادة السياسية، وهؤلاء غير معروفين بالنسبة لكثير من الناس».