منذ أن تبادلت مصر وتركيا التمثيل الدبلوماسي المقيم عام 1925 تراوحت العلاقات بين البلدين بين الفتور والدفء. فالعلاقات التي بدأت على مستوى القائم بالأعمال سرعان ما تم رفعها إلى مستوى السفراء في عام 1948، إلا أن العلاقات الوطيدة التي جمعت بين أسرة محمد علي باشا والسفارة التركية في القاهرة أثارت حفيظة الضباط الأحرار الذين أطاحوا بالملكية في مصر عام 1952.
وشهد عام 1953 أبرز المحطات التاريخية بين البلدين حينما أعلنت مصر الجمهورية، وقطعت الطريق على تحركات بريطانية تركية اعتبرتها القاهرة مريبة، وفي عام 1954 قام الرئيس المصري الراحل جمال عبد الناصر بطرد السفير التركي في القاهرة خلوصي فؤاد توغاي، على خلفية مواقف تركية اعتبرتها القاهرة معادية للعرب.
وتسبب الفتور في العلاقات بين القاهرة وأنقرة في صمت تركيا إزاء العدوان الثلاثي على مصر عام 1956، مما دفع عبد الناصر لاعتماد سياسة داعمة لليونان في خلافها مع تركيا بشأن جزيرة قبرص.
واستمر تدهور العلاقات المصرية التركية خلال الستينات مع إعلان أنقرة ترحيبها بانفصال مصر عن سوريا في عام 1961. وكانت القاهرة ودمشق قد أعلنتا الوحدة في 22 فبراير (شباط) عام 1958 بتوقيع ميثاق الجمهورية المتحدة. واختير عبد الناصر رئيسا والقاهرة عاصمة للجمهورية الجديدة، لكن انقلابا عسكريا في دمشق في 28 سبتمبر (أيلول) 1961، أنهى الوحدة وأعلنت سوريا عن قيام الجمهورية العربية السورية.
ودفع الترحيب التركي بانفصال مصر التي احتفظت باسم الجمهورية العربية المتحدة، إلى طرد سفير أنقرة، للمرة الثانية في الحقبة الناصرية.
وعاد الدفء إلى العلاقات بين مصر وتركيا في عام 1988 عندما طلبت مصر من اللجنة المصرية التركية وضع مقترحات لتحقيق المصلحة المشتركة بين البلدين. طورت العلاقات وتوطدت في فترة التسعينات خاصة بعد زيارة رئيس الوزراء التركي آنذاك نجم الدين أربكان لمصر عام 1996، وهي الزيارة التي سعى خلالها لتكوين مجموعة اقتصادية إسلامية تكون مصر أحد أعضائها، وهو ما أسفر عن تكوين مجموعة الثمانية النامية، وموافقة مصر على الانضمام إلى تلك المجموعة، حيث عقدت أول قمة لمجموعة الدول الثماني الإسلامية في إسطنبول في يونيو (حزيران) 1997.
وتوطدت العلاقات المصرية التركية خلال سنوات حكم الرئيس الأسبق حسني مبارك الذي زار تركيا عام 2009، لكنها وصلت إلى أوجها مع فوز الرئيس السابق محمد مرسي، المنتمي لجماعة الإخوان المسلمين، في الانتخابات الرئاسية منتصف 2012.
وزار مرسي تركيا ليوم واحد في يوليو (تموز) عام 2012، كما زار رئيس الوزراء التركي رجب طيب أردوغان القاهرة في نوفمبر (تشرين الثاني) الماضي.
وعقب عزل الرئيس السابق مرسي في يوليو الماضي، شهدت العلاقات بين البلدين تدهورا على خلفية الموقف التركي الداعم لجماعة الإخوان المسلمين، ورفضها لنتائج ثورة 30 يونيو، مما أدى إلى طرد السفير التركي في القاهرة للمرة الثالثة في تاريخ العلاقات بين البلدين.