تقابل محاولات الحكومة العراقية لإخضاع قوات البيشمركة لسيطرة الحكومة العراقية بدمجها تماما في المنظومة الدفاعية العراقية وجعل ولائها المطلق للقائد العام للقوات المسلحة وهو المنصب الذي يشغله رئيس الوزراء نوري المالكي، برفض القيادة الكردية.
وزارة البيشمركة في حكومة إقليم كردستان العراق أعلنت، على لسان جبار ياور الأمين العام للوزارة والناطق باسم الأمانة العامة للقوات المسلحة في الإقليم، إنه «حسب الفقرة الخامسة من المادة 121 من الدستور العراقي فإن قوات البيشمركة هي جزء من القوات الدفاعية العراقية، وحسب الفقرة الثالثة من المادة الثانية من قانون وزارة البيشمركة لحكومة إقليم كردستان العراق فإن لقوات البيشمركة ست مهمات على مستوى الإقليم والعراق أهمها الحفاظ على أمن وسلامة العراق وإقليم كردستان». وأوضح ياور في بيان أنه حسب الاتفاق الحاصل عام 2007 بعد الاجتماع بين قيادتي بغداد والإقليم في جلسة مجلس الأمن الوطني المرقمة 527 في يونيو (حزيران) 2007 فإن ميزانية القوات المسلحة في الإقليم ستدرج ضمن الموازنة السيادية الدفاعية للعراق دون أن تكون هناك أي شروط أو أي تلويحات بشأن أمور سياسية قد تحصل في العراق».
بدوره، قال النائب عن التحالف الكردستاني وعضو لجنة الدفاع في البرلمان العراقي، شوان محمد طه، في تصريح لـ«الشرق الأوسط» إن «القيادة الكردية والقوى السياسية في إقليم كردستان طرحت أكثر من موقف ورؤية على الحكومة الاتحادية للخروج بحل يرضي الجميع لهذه المشكلة التي لا تزال عالقة بين بغداد وأربيل ومنها أن تكون قوات البيشمركة ضمن المنظومة الدفاعية العراقية من حيث التأهيل والتدريب والرواتب والتسليح شرط أن يكون تحريك هذه القوات بأوامر مشتركة من رئيس إقليم كردستان ورئيس الوزراء الاتحادي». وأوضح طه أن المالكي اعترض أكثر من مرة على هذا الطرح، مقترحا تعديل الدستور أو القبول بربط البيشمركة بوزارة الدفاع العراقية. وبين طه أن إقليم كردستان رفض في عام 2004 الخضوع لقانون رقم 90 لسلطة الائتلاف المؤقتة التي كان يرأسها بول بريمر الذي اقترح دمج قوات البيشمركة، شأنها شأن الميليشيات التي كانت موجودة حينها على الساحة السياسية والعسكرية العراقية، بوزارة الدفاع العراقية وحلها بالكامل، ما دفع مسعود بارزاني، الذي لم يكن حينها رئيسا للإقليم، للعودة إلى أربيل بعد خلاف حاد مع بريمر.
وعزا طه رفض الكرد لإدماج قوات البيشمركة ضمن القوات الدفاعية العراقية بالكامل كونها قوى نظامية شاركت في تحرير العراق وكانت جزءا من الحركة التحررية الكردية والعراقية بشكل عام. ويرى طه أن حكومة المالكي تسعى وبكل الطرق إلى محو كل ما يتعلق بالفيدرالية والتعاون المشترك في العراق وتعمل على إعادة المركزية في السيطرة على مرافق الدولة، مؤكدا في نفس الوقت على أن مقترح المالكي بتعديل الدستور لا يصب في مصلحة الكرد وهو ما يرفضه الكرد.