تتجه الحكومة السودانية والفصائل الجنوبية التي وقعت معها اتفاقية الخرطوم للسلام الى الدخول في ازمة جديدة. فقد اعلن مكي علي بلايل مستشار رئيس الجمهورية لشؤون السلام بأن الحكومة تتجه لمراجعة اتفاقية الخرطوم للسلام الموقعة في أبريل (نيسان) 97 ولن تجري الاستفتاء (كما كان مقرراً) في الوقت الراهن حول تقرير المصير وستدخل بدلا عن ذلك في مفاوضات جديدة مع الفصائل الموقعة على الاتفاقية.
واضاف بلايل «سأدخل في مفاوضات جديدة ولا توجد امكانية لاجراء استفتاء وسأعد ورقة بهذا المعنى لرئيس الجمهورية». وجاء على الفور رد رافض وغاضب من بيتر سولي رئيس جبهة الانقاذ الديمقراطية التي تضم الفصائل الموقعة على الاتفاقية، وقال سولي في تصريحات صحافية في المجلس الوطني ان الاتفاقية ماتت بعد ان اختارت الحكومة طريق الحرب ولم تنفذ بنود الاتفاقية ونحن في حل من أي التزام تجاه الحكومة وكل الفصائل ترفض الدخول في أية مفاوضات جديدة وان الطريق الذي اختارته الحكومة لا يؤدي للسلام وان تمديد الفترة الانتقالية لا تقرره الحكومة وحدها بل هو يخص مجلس تنسيق الولايات الجنوبية.
وكانت الحكومة السودانية قد وقعت عام 97 اتفاقية للسلام مع ستة من الفصائل الجنوبية المتمردة والمنشقة على الحركة الشعبية التي يقودها العقيد جون قرنق، وتم الاتفاق على اجراء استفتاء على تقرير المصير بالوحدة او الانفصال عقب فترة انتقالية تبدأ من ابريل 97 وتنتهي في ابريل عام 2001 وبمقتضى تلك الاتفاقية تم تشكيل مجلس تنسيق الولايات الجنوبية وترأسه د. رياك مشار رئيس جبهة الانقاذ آنذاك، ولكن مشار فر من الخرطوم مطلع عام 2000 محتجا على ما وصفه بنكوص الحكومة عن التزامها بنصوص الاتفاقية وفي مطلع هذا العام أشار علي عثمان محمد طه النائب الأول لرئيس الجمهورية الى ان الاتفاقية. ليست جامدة وانه ليس شرطا اجراء الاستفتاء على تقرير المصير مع نهاية الفترة الانتقالية، ولمح الى امكانية تمديد الفترة الانتقالية. وتعمق هذه الخطوات المرتقبة الشكوك في أوساط القوى السياسية الجنوبية التي ترى ان الحكومة الشمالية لا تلتزم بما تتفق عليه مع جنوبه.