تعد الطائرة البوينغ 737 الطائرة الوحيدة التي تملكها الشركة وان بقية الطائرات في الاسطول مستأجرة. وقبل عام تحطمت طائرة شحن تابعة للخطوط الجوية السودانية في منطقة سكنية ببانجي عاصمة جمهورية افريقيا الوسطى وقتل 23 شخصاً معظمهم من الركاب والطاقم. كما تحطمت طائرة اخرى من طائرات الشحن التابعة للشركة لدى اقترابها من المطار في العاصمة الكينية نيروبي في ديسمبر (كانون الاول) عام 1990، وفي عام 1986 قتل 70 شخصا عندما اطلق مقاتلو الجنوب صاروخا من طراز سام 7 على طائرة ركاب تابعة للخطوط السودانية عقب اقلاعها من مدينة ملكال في جنوب السودان. وقبل اعوام سقطت طائرة في الجنوب قتل فيها نائب الرئيس الزبير محمد صالح و13 اخرين من كبار ضباط الجيش والمسؤولين الحكوميين.