استبعد جواد الخوئي، من مؤسسة الامام الخوئي الخيرية في لندن ان تكون وراء حادث آية الله محمد باقر الحكيم دوافع تتعلق بصراع طائفي (شيعي ـ سني) او صراع بين الاطراف الشيعية نفسها، واتهم اتباع الرئيس العراقي السابق صدام حسين بتدبير الاعتداء.
وقال الخوئي لـ«الشرق الأوسط» في عمان التي يزورها للقاء بعض الشخصيات السياسية والفعاليات الثقافية والدينية في الاردن، ان «استشهاد السيد الحكيم يشكل فاجعة دينية ووطنية، كون الشهيد يتحدر من عائلة دينية وطنية قدمت العديد من الشهداء من اجل العراق والعراقيين ولها نفوذ واسع داخل العراق وخارجه».
واعتبر ان من شأن الحادث التأثير على الأمن والاستقرار في العراق، وانه «يصب في صالح النظام المخلوع والدول التي تعمل على عدم استقرار العراق والعراقيين»، وقال: «اعتقد ان أزلام الرئيس المخلوع صدام حسين هم من كانوا وراء عملية الاغتيال»، كونها عملية مدروسة ومخططة بدقة ولا تنتمي الى عمليات الاغتيال البسيطة، ثم ان الشهيد كان محاطا بحماية امنية كبيرة لا يستهان بها وليس من السهولة اختراقها».
ونفى جواد الخوئي، وهو استاذ في الحوزة العلمية، ان تكون دوافع الاغتيال طائفية او صراعا سنيا ـ شيعيا او حتى صراعا شيعيا ـ شيعيا، بالرغم من ان هناك من يعتقد ذلك، «كون هذه الصراعات او الاختلافات في الرأي بين الطوائف او المذاهب الدينية في العراق لم تصل ولا تصل الى حد الاغتيالات او التصفيات الجسدية بل تنتهي في حدود الاختلافات الفكرية ولم يعرف العراق او العراقيون عبر تاريخهم مثل هذه الاساليب في حل نزاعاتهم الفكرية»، مشيرا الى ان العملية من تنفيذ جهات سياسية تحرك بعض الجهلة والمتطرفين لتبدو «العملية وكأنها صراع طائفي او مذهبي». وحمل الخوئي قوات التحالف مسؤولية حفظ الأمن في العراق حسب اتفاقية جنيف التي تؤكد على ان تتحمل قوات الاحتلال مسؤولية حفظ الامن في البلد المحتل، مشددا على ضرورة الاعتماد على العراقيين في حفظ الامن والاستقرار وان يتدخل العقلاء لفظ النزاعات. واشار الى حادثة مقتل عمه حجة الاسلام عبد المجيد الخوئي في العاشر من ابريل (نيسان) الماضي في مدينة النجف وفي ذات المكان الذي اغتيل فيه السيد الحكيم تقريبا، وعلى ايدي الغوغاء من المتطرفين قائلا: «بعد حادثة مقتل عمي قلنا ان على القيادات الدينية والسياسية ان تأخذ دورها ومسؤوليتها لردع الزمر المتطرفة والغوغائية والابتعاد عن العنف كأسلوب للتعامل مع الاحداث ولكن وللاسف لم يحدث أي رد فعل حول الموضوع بالمستوى المطلوب، وكنا نعتقد ان حادث اغتيال الخوئي لم يكن الاخير لان المخطط العدواني ضد العراق هو اكبر من اغتيال افراد معينين بل يستهدف امن البلد والشعب العراقي».
واكد جواد الخوئي انه ستكون لعملية الاغتيال «تداعياتها الكبيرة التي تنسحب على عمل مجلس الحكم العراقي والعمل على محاربة اعماله وعدم استقرار الحوزة العلمية كجامعة دينية، وعلى مهمة المرجعية واستهداف استقرار مدينة النجف التي تعد المركز الاول لكل الشيعة في العالم وترهيب اساتذة وطلبة الحوزة ومن يعمل من اجل استقرار العراق والعراقيين، وبالتالي اقحام المرجعية والحوزة في الأمور السياسية».