بعد خمسة أعوام من توليه منصب نائب رئيس الوزراء، وموقع الشخص الأول المرشح لخلافة رئيس الوزراء مهاتير محمد، وجد أنور ابراهيم نفسه خارج منصبه وبمواجهة تحقيق من جانب الشرطة في مزاعم تتعلق بسوء سلوكه الجنسي.
وأدت التهم الموجهة ضده الى محاكمة طرحت فيها اتهامات مشددة واستمرت اشهرا عدة وبلغت ذروتها في إدانته بالفساد واللواط. وبعد يوم من طرده ادعى أنور انه «ضحية مؤامرة على اعلى المستويات».
وقال أنور ان هناك مؤامرة في اطار الحكومة لتجريده من منصبه ومن المؤكد ان لديه أعداءه. وكان ينظر الى انور كخليفة محتمل لرئيس الوزراء مهاتير ولكن كانت هناك توترات متزايدة بين الرجلين، خصوصا في ما يتعلق بالسياسة الاقتصادية. وقد ظهرت للمرة الأولى مزاعم التجاوزات الجنسية التي اتهم بها في كتاب يحمل عنوان «خمسون سببا حالت دون أن يصبح أنور رئيسا للوزراء»، ووزع خلال الاجتماع السنوي للحزب الحاكم، «الجمعية الوطنية الموحدة لشعب الملايو» برئاسة مهاتير. وخلال الاجتماع عزز الدكتور مهاتير سيطرته على الحزب على الرغم من الهجوم العلني على المحسوبية والمنسوبية من جانب احد حلفاء انور. ورأى محللون الهجوم كمحاولة غير مباشرة من جانب انور لتعزيز موقعه. واذا كان الأمر على هذا النحو فيمكن القول انه أخفق. وربما يكون انور قد دفع ثمن طموحه السياسي.
وفي الخارج كان ينظر الى انور باعتباره الوجه العقلاني للزعامة الماليزية التي واجهت وقتها أسوأ ازمة اقتصادية شهدتها البلاد. وكان السياسي البالغ، 57 عاما، قد أوصى بالحذر الاقتصادي وسعى الى طمأنة المستثمرين الأجانب، على النقيض من هجمات رئيس الوزراء على المتكهنين الأجانب وفي الأسابيع التي تلت اجتماع الحزب الحاكم وجد حلفاء انور أنفسهم على الهامش. فقد استقال اثنان من رؤساء تحرير الصحف، ومسؤولون في البنك المركزي، ووجد أنور مسؤولياته عن حدوث انتعاش اقتصادي تعزى الى دايم زين الدين، وهو أحد المساعدين المقربين لمهاتير. وكانت مسألة وقت قبل أن يجد أنور نفسه وقد تعين عليه الرحيل.