انتقد عدد من نواب الإخوان المسلمين في مجلس الشعب (البرلمان) المصري، ما وصفوه بصمت الحكومة إزاء تصريحات نائب رئيس الجامعة الاميركية الدكتور فاروق الهتيمي، بأن الجامعة هيئة خاصة، وليست مؤسسة عامة، وبأن من يحكم الجامعة هي لوائح مجلس الأمناء وليس القانون المصري، مؤكدا رفضه لأحكام القضاء المصري.
وطالب النواب علي لبن وحسين ابراهيم والسيد حزين في أسئلة إلى رئيس الوزراء ، ووزيري التعليم والداخلية، الحكومة بتطبيق احكام القانون المصري على الجامعة الاميركية، مشيرين الى ما انتهى إليه تقرير هيئة مفوضي مجلس الدولة في قضية نقاب الدكتورة إيمان الزيني، التي رفضت الجامعة دخولها إلا بعد خلع النقاب.
وقد رفض النواب قرار الجامعة بالامتناع عن إقامة مسجد للصلاة بها، خاصة أن أكثر من 90 في المائة من طلاب الجامعة من المسلمين، اضافة الى أن دستور الدولة يؤكد ان الشريعة الاسلامية هي المصدر الرئيسي للتشريع. وأكد نواب الإخوان المسلمين ان ما ترتكبه سلطات الجامعة الاميركية يمثل اعتداء صارخا على حقوق السيادة للوطن والقانون والدستور.