وجهت الحكومة المصرية انتقادات شديدة لسلوك الولايات المتحدة الأميركية، في تحقيقاتها بشأن كارثة الطائرة المصرية التي سقطت قبال السواحل الأميركية عام 1999، وذلك خلال تقرير للبرلمان المصري، بعث به الفريق أحمد شفيق وزير الطيران المصري، رداً على سؤال للدكتور أيمن نور رئيس حزب الغد وأحد المرشحين لانتخابات الرئاسة الحالية، أكدت فيه رفض سلطات التحقيق الأميركية منح فريق التحقيق المصري معلومات الرادار المتعلقة بمسار الطائرة والحادث، بزعم أنها معلومات سرية ولا يجوز افشاؤها.
وأشار إلى أن هذا البند جاء ضمن ثلاثة اعتراضات مصرية قدمها فريق التحقيق المصري، على مسودة التقرير الفني النهائي عن الحادث، وكشفت النقاب عنه لأول مرة بعد صدوره بثلاثة أعوام كاملة، حيث تضمنت الاعتراضات المصرية أيضاً عدم استكمال البحث في الجوانب الفنية لأعطال مجموعة الذيل من الجانب الأميركي. وعدم استكمال لجنة التحقيق الفنية الأميركية بالهيئة القومية لتأمين سلامة النقل للتحاليل المعملية لبصمات الصوت لمعرفة حقيقة ما دار داخل كابينة القيادة بدقة. وأكد شفيق، قيام فريق التحقيق المصري باستكمال الأبحاث والدراسات في النقاط الثلاث محل الاعتراض، بمشاركة شركات اعادة التأمين. وتوصل الفريق إلى أنه ومن خلال الأبحاث الفنية على بصمات الأصوات داخل كابينة القيادة تبين وجود عدد يتراوح ما بين ثلاثة إلى أربعة أفراد من طاقم قيادة الطائرة داخل كابينة قيادتها طوال الوقت. وأنه ثبت أنه كانت هناك محاولات من قبل اثنين من قادة الطراز، على الأقل، لتعديل وضع الطائرة أثناء سقوط مقدمتها لأسفل، وأنه كانت هناك استجابة كاملة من الطيار المساعد جميل البطوطي، الذي اتهمته السلطات الأميركية بمحاولة الانتحار، وهو ما ينفي ما جاء في التقرير الأميركي، الذي أشار بأصابع الاتهام إلى الطيار المساعد كسبب لهذا الحادث.
وتوصل فريق التحقيق المصري، من خلال الأبحاث والدراسات للعيوب المحتمل حدوثها في مجموعة الذيل إلى حدوث عيب ما يمكن أن يؤدي إلى نتائج مماثلة ومطابقة لسلوك الطائرة في أثناء الحادث.
وأكد شفيق، أنه في ضوء النتائج التي توصل إليها فريق التحقيق المصري تقوم شركات التأمين بالتفاوض مع شركة بوينغ للمشاركة في التعويضات المطلوبة ودفع قسط منها. كما قامت شركات اعادة التأمين بدفع جميع تكاليف أعمال التحقيق وفريق التحقيق المصري في الحادث، التي بلغت مليوناً ومائة ألف دولار (أي ما يقرب من ستة ملايين و600 ألف جنيه مصري) إلى شركة مصر للطيران، إلى جانب دفع 59 مليون دولار لتعويض عن قيمة الطائرة.
وكشف وزير الطيران عن وجود مفاوضات تجرى بين شركات اعادة التأمين وممثلي شركة بوينغ الصانعة للطائرة، للمشاركة في التعويضات وأنه بناء على طلب شركات اعادة التأمين للجانب المصري، تم تأجيل اعلان النتائج الفنية التي تم التوصل إليها من قبل فريق التحقيق المصري حتى يتم التوصل إلى اتفاق مع ممثلي شركة بوينغ، على أساس دفع أي جزء من التعويضات، ويعتبر اعترافاً ضمنياً بالمسؤولية عن الحادث ورفع الاتهام عن الطيار المصري، كما سيقوم الجانب المصري باعلان النتائج فور الانتهاء من المفاوضات الجارية.