ولد موسى عرفات في مدينة يافا بتاريخ 16ـ9ـ1941، لأب من مدينة غزة وام من القدس. عند وقوع النكبة عام 1948 هاجرت العائلة مع معظم الفلسطينيين في يافا الى غزة، حيث استقرت في حي «الشجاعية» شرق المدينة.
تلقى تعليمه الابتدائي والاعدادي والثانوي في غزة، والتحق عام 1961 بكلية الحقوق في جامعة القاهرة، لكنه لم يكمل دراسته بعد اعتقاله على ايدي السلطات المصرية التي كانت تدير شؤون القطاع. في هذه الاثناء انضم عرفات لحركة فتح، وتوجه للانضواء تحت لواء القطاع الجنوبي في الحركة في الاردن، الذي ما لبث ان تولى قيادته رغم صغر سنه. في احداث سبتمبر (ايلول) 1970، اعتقلته السلطات الاردنية وأطلق سراحه بعد بضعة اشهر، ليتوجه الى سورية، حيث اعتقل لبضع سنوات.
في مطلع الثمانينات غادر ليوغوسلافيا لدراسة العلوم العسكرية حيث حصل على الماجستير في العلوم العسكرية من اكاديمية «تيتو العسكرية». ومثله مثل المنتسبين للثورة الفلسطينية شارك عرفات في دورات عسكرية في كل من مصر وسورية وفيتنام والصين والاتحاد السوفياتي.
بعد الاجتياح الاسرائيلي للبنان عام 1982 والاستقرار في تونس، تولى منصب نائب مدير المخابرات العسكرية.
عاد الى غزة بعد توقيع اتفاقيات اوسلو عام 1993، وشكل جهاز الاستخبارات العسكرية الذي ما لبث ان تحول الى احدى اقسى ادوات القمع بالنسبة لمعارضي السلطة، لا سيما قادة ونشطاء حركة حماس عام 1996. وفي سابقة هي الاولى من نوعها امر موسى عرفات بحلق لحى ثلاثة من قادة حركة حماس كانوا معتقلين لديه، احدهم الدكتور محمود الزهار، احد ابرز قياديي الحركة في القطاع.
لكن الى جانب ذلك أصبحت الروايات حول تورط عرفات في قضايا الفساد على لسان الكثير من الفلسطينيين في القطاع، اذ كان يتهم بعمليات ابتزاز، ومتاجرة بالسلاح وغيرها. ورغم الانتقادات الشديدة له، الا ان الرئيس الفلسطيني الراحل ياسر عرفات رفض التخلي عن ابن عمه، وقام بدلاً من ذلك بترقيته بتعيينه قائداً لجهاز الأمن العام في قطاع غزة، الذي يضم بالاضافة الى الاستخبارات العسكرية، الأمن الوطني و«قوات الـ17»، والبحرية، وزاد الامور تعقيدا، من الانتقادات للرئيس عرفات. احال الرئيس محمود عباس (ابو مازن) عرفات الى التقاعد في ابريل (نيسان) الماضي، رغم خروجه ضد القرار، بداية ورفضه القرار ومهاجمته لوزير الداخلية الذي قدم اسمه للتقاعد، في وسائل الاعلام. وتحسبا لأي مضاعفات عينه ابو مازن مستشاراً له للشؤون العسكرية بمرتبة وزير.
يعتبر عرفات شخصية مثيرة للجدل وله عداوات كثيرة. فقد كان على عداوة مع زملائه من قادة الاجهزة الأمنية، واشتبك عناصر عرفات مرات عديدة مع عناصر الاجهزة الأمنية الاخرى. وكان لعرفات عداوات مع عائلات فلسطينية تتهمه بالاستيلاء على اراضيها من دون وجه حق. كان يخشاه كثيرون ويحبه قليلون لما عرف عن استعداده للجوء الى العنف. لذلك كثر خصومه وبعضهم من حركة فتح الحاكمة وآخرون في الفصائل المسلحة.
وعائلة القدوة التي ينتمي اليها عرفات اثارت الكثير من الجدل بسبب سيطرة ابنائها على العديد من مراكز القرار. فمطلق عرفات، شقيق موسى عرفات كان حتى وقت قريب يرأس الادارة والتنظيم في الاجهزة الأمنية، وبحكم موقعه هذا كان مسؤولاً عن تعيين أي عنصر في الاجهزة الأمنية، وشقيقه الاصغر جمال هو رئيس القضاء العسكري، في حين ان منصب وزير الشؤون الخارجية يشغله ناصر القدوة، ومنصب محافظ غزة يشغله محمد القدوة.