أصدرت الحكومة المصرية اللائحة التنفيذية لقانون المناطق الاقتصادية الخاصة والتي تضمنت تطبيق أنظمة مستقلة خاصة بهذه المناطق بالنسبة للادارتين الجمركية والضريبية حيث أعطت اللائحة صلاحيات موسعة لمجلس ادارة الهيئة المسؤولة عن ادارة هذه المناطق. فقد اشارت اللائحة التي شملت 34 مادة الى مسؤولية مجلس الهيئة عن اصدار القرارات الخاصة بادارة وتنمية المناطق وتنظيم العمل بها بالاضافة الى تحديد النسبة التي تؤدى الى الخزانة العامة من صافي فائض العمليات الجارية بعد اداء الضرائب بناء على اتفاق مع وزير المالية.
وأكدت اللائحة انه لا يجوز انشاء أي مشروع داخل المنطقة الاقتصادية ايا كان شكله القانوني الا بعد موافقة مجلس ادارة الهيئة ويجب ان يتضمن طلب الانشاء اسماء المؤسسين وجنسياتهم والتكاليف الاستثمارية ومصادر التمويل والاثار البيئية للمشروع.
واضافت اللائحة ان يكون للهيئة اختصاص مصلحة التسجيل التجاري المنصوص عليه في القانون رقم 34 لعام 76 بالنسبة للمنشآت والفروع والشركات المقامة داخل المنطقة.
وطالبت اللائحة بانشاء لجنة عليا يصدر بتشكيلها قرار من رئيس الهيئة تكون مسؤولة عن الاشراف على تطبيق النظام الضريبي بالمنطقة بعد موافقة وزير المالية.
كما أوضحت اللائحة وذلك بالمادة 20 أن يكون الاستيراد من المناطق الاقتصادية الى داخل البلاد طبقا للقواعد العامة للاستيراد من الخارج وتؤدي الضرائب الجمركية على البضائع التي تستورد من المناطق للسوق المحلي كما لو كانت مستوردة من الخارج.
كما اشارت اللائحة الى أن السلع والبضائع المصدرة من داخل البلاد الى مشروعات المناطق الخاصة تعامل معاملة السلع والبضائع المصدرة للخارج ويتعين ان تستوفي جميع الاجراءات التصديرية والنقدية المعمول بها بالنسبة لهذه الصادرات في تاريخ تقديم البيان الجمركي.