أكد الدكتور ناجح إبراهيم، منظر «الجماعة الإسلامية» المصرية، أن هناك خلافا واسعا بين تنظيم «القاعدة» و«الجماعة الإسلامية» فكرا ومنهجا، قائلاً «إن غايتهم (القاعدة) الجهاد وغايتنا الإسلام». ونفى ما أعلنه الدكتور أيمن الظواهري، (الرجل الثاني في «القاعدة»)، عن انضمام قياديين من «الجماعة» إلى «القاعدة». وقال