دخلت الأزمة في أهم مؤسسة دينية في مصر منعطفا جديدا، حيث منع موظفو مشيخة الأزهر بالقاهرة، الشيخ الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر من دخول مقر مكتبه بالمشيخة، مطالبين برحيله وإقالة جميع المستشارين الذين تم تعيينهم في عهده، مما دفعه لتقديم استقالته للمجلس الأعلى للقوات المسلحة. ومن جانبه, رفض المشير محمد حسين